Informasjon til mikrobiologiske laboratorier om innsending av SARS-CoV-2 prøver til nasjonal overvåking
Oppdatert
Her finnes informasjon om FHIs analyser for SARS-CoV-2 og referanselaboratoriets angivelse av innsending av positive SARS-CoV-2 prøver og sekvensdata til referanselaboratoriet, samt om biosikkerhet ved SARS-CoV-2 laboratoriearbeid.
Viruskarakterisering for overvåkning
Som nasjonalt folkehelselaboratorium og nasjonalt referanselaboratorium plikter FHI å opprettholde stammebank samt å bidra i overvåking av sine agens og agens egenskaper. Laboratorier har i denne forbindelse ifølge Smittevernloven og MSIS-forskriften plikt til å oversende prøver med påvist agens i henhold til referanselaboratoriets angivelse. Prøver som sendes inn til referanselaboratoriet ved FHI vil i stor grad bli forsøkt helgenomsekvensert. Slik kan vi avdekke mutasjoner i virusets arvemateriale som kan påvirke virusets egenskaper. Endringer i for eksempel spike-proteinet, som binder viruset til vertscellens overflatereseptor, kan medføre høyere smittsomhet og/eller endrede antigene egenskaper. Målet med overvåkningen er å overvåke egenskapene til SARS-CoV-2 i Norge, undersøke forekomst og spredning av de ulike genetiske variantene, utbruddsoppklaring, samt oppdage om varianter er assosiert med immun-unnvikelse, atypisk/alvorlig sykdomsforløp og diagnostiske utfordringer.
Det kan også være aktuelt å dyrke virus som representerer bestemte varianter for videre analyse. Dette avhenger av primærmateriale i et medium som er forenlig med cellekultur, slik som VTM/UTM. Oppformering av virus gjør det også lettere å ha tilgjengelig definerte virusmaterialer til egen og andre laboratoriers kvalitetssikring av analyser. FHI vil ved behov verifisere analyseresultater ved internasjonalt referanselaboratorium.
Nedenfor angis hvilke prøver som bes innsendt med hensyn til både generell (representativ) og målrettet overvåkning, samt pasientinformasjon som bør følge prøvene for korrekt prioritering og kategorisering.
Innsending av utvalgte SARS-CoV-2-prøver for viruskarakterisering ved FHI for overvåkningsformål
Det er behov både for generell (representativt tverrsnitt) og målrettet overvåkning av SARS-CoV-2 i Norge. Omfanget av innsendelse vil tilpasses løpende etter overvåkingens behov.
Generell overvåkning
For generelt overvåkningsformål bes laboratoriene som tester for SARS-CoV-2 om rutinemessig å sende et spesifisert antall representative positive prøver pr. uke, basert på folketallet i det enkelte laboratoriets opptaksområde. Dersom antallet positive prøver i en uke er lavere enn dette måltallet, er det ønskelig at alle positive oversendes.
- Hvert enkelt laboratorium får et måltall for sin innsendingsplikt fra referanselaboratoriet.
Utvalget som oversendes for generelt overvåkningsformål bør tilstrebes å være representativt for de SARS-CoV-2-positive i laboratoriets opptaksområde. ECDC har utarbeidet en guide for hvordan sikre representativitet best mulig:
Vennligst merk rekvisisjonene tydelig med "SARS-CoV-2 GENERELL OVERVÅKNINGSPRØVE" og påfør prøvens ct-verdi hvis tilgjengelig. Prøvene som velges ut bør inneholde tilstrekkelig mengde SARS-CoV-2-virus til at helgenomsekvensering og eventuell virusdyrking er mulig, og ct-verdi bør derfor helst ligge under 30.
Laboratorier som gjør fortløpende helgenomsekvensering av et tilstrekkelig antall representative positive prøver, og har en fungerende ordning for deling av sekvensene med FHI, kan etter nærmere avtale oppfylle deler av innsendingsplikten til referanselaboratoriet virtuelt gjennom tilgjengeliggjøring av sekvenser og tilhørende metadata. Et mindre utvalg av positive prøver må likevel oversendes da innsendingsplikten også tjener andre formål enn sekvensering (nasjonal stammebank, virusdyrking, kvalitetssikringsformål m.m.). Utvalg med tanke på representativitet, og medfølgende data, må være tilsvarende som for fysisk oversendelse.
I tillegg bes det om oversendelse av positive prøver for målrettet overvåkning, se under.
Målrettet overvåkning
I tillegg til den generelle overvåkingen er det behov for å se nærmere på mer spesielle prøver. Disse prøvene inngår i den mer målrettede overvåkingen
- Spesielle epidemiologiske forhold, inkludert mistanke om rask og ukontrollerbar smittespredning til tross for gode smitteverntiltak, spesielt i institusjoner (sykehjem, sykehusavdelinger), i skoler/ barnehager og på ulike arbeidsplasser, mistanke om zoonotisk smitte o.l. Det anbefales at det sendes inn prøver fra 5-10 smittede i et utbrudd. Jo større utbruddet er, desto viktigere er det å sende inn prøver fra flere smittede og som er smittet på ulike smittetidspunkter. Prøvene bør velges ut strategisk slik at de representerer utbruddet på en hensiktsmessig måte, gjerne fra indekskasus og personer som er smittet til ulik tid og for eksempel på ulike avdelinger (ved utbrudd på en institusjon). Da blir det lettere å danne seg et bedre bilde av utbruddets omfang og om det dreier seg om en eller flere virusvarianter, og om det sirkulerer særlig smittsomme varianter
- Atypisk eller alvorlig sykdomsforløp. Styrket overvåking av alvorlige covid-19 tilfeller gjennom den pågående kartleggingsundersøkelsen inngår her.
- Mistanke om zoonotisk smitte. Vær spesielt observante på informasjon om kontakt med dyr eller smitte etter utbrudd i dyr.
- Mistenkt importsmitte.
- Mistanke om test-escape (for eksempel prøver som gir motstridende resultater i ulike tester).
- Mistanke om vaksinesvikt
For slik målrettet overvåkning, for etterspurt oversendelse av bestemte prøver for smittesporing, eller behov for referanseundersøkelse/bekreftende testing, er det vesentlig at den konkrete indikasjonen for oversendelse samt "SARS-CoV-2 MÅLRETTET OVERVÅKNING" er tydelig ført på remissen.
Testing ved FHI for andre formål
Referanselaboratoriet har også i sin rolle å bistå med avklaring for “problemprøver” og annen referansetesting. I slike tilfeller må dette behovet klart fremgå ved innsendelse.
Rekvisisjon bør inneholde følgende pasientrelatert informasjon ved innsendelse av prøve:
- Innsendingsformål; representativ eller målrettet, inkludert eventuelt hvilken indikasjon for målrettet
- Testresultat, inkludert ct-verdi som gir indikasjon om virusmengde i prøven. Ct-verdi lavere enn 30 gir best resultater ved helgenomsekvensering. Ct-verdi bør følge med slik at templatmengde til sekvensering kan innstilles. Dersom ikke verdien inkluderes på remissen, vil det kunne medføre forsinkelser i analysering. Eventuelt resultat fra variantspesifikk PCR bør også opplyses.
- Aktuell reiseanamnese
- Ved utbruddsoppklaring, bør det angis på rekvisisjonen hvilket utbrudd prøven tilhører
- Innlagt/poliklinisk/annen institusjon
- Dersom informasjon er tilgjengelig, om pasientens vaksinasjonsstatus
- Smittetidspunkt hvis kjent
- Tidspunkt for symptomdebut / asymptomatisk
- Ved alvorlig eller atypisk sykdomsforløp skal dette beskrives nærmere
- FHIs generiske rekvisisjonsskjema for mikrobiologiske undersøkelser kan benyttes
Forsendelse
Ved særlig behov kan kommuneoverlege/behandlende lege ta kontakt med lokalt laboratorium og anmoder om å sende utvalgte prøver til FHI med kliniske opplysninger og indikasjon for analyse inkludert evt. sekvensering.
For mikrobiologiske laboratorier:
Biologisk materiale og prøver som skal til Folkehelseinstituttet på Lindern kan sendes:
- Med post: Folkehelseinstituttet, Felles prøvemottak, Postboks 4404 Nydalen, 0403 OSLO.
- Med budbil: Folkehelseinstituttet, Felles prøvemottak, Lovisenberggata 6, 0456 OSLO.
Hasteprøver sendes direkte med budbil til prøvemottaket på FHI mellom 9-14 på hverdager.
Prøvemottaket er ikke bemannet på lørdager og søndager. Dersom det i spesielle tilfeller er nødvendig med forsendelse som ankommer FHI i helg, må dette forhåndsavtales med mikrobiologisk beredskapsvakt, tlf. 21 07 67 60 (døgnbemannet).
Kontaktinformasjon ved spørsmål om indikasjon for sekvensering
Importtilfeller og utbrudd, kan smittevernvakta (kun for helsepersonell) kontaktes på telefon: 21 07 70 00 (sentralbord) eller 21 07 63 48 (utenom kontortid alle hverdager).
Atypisk eller alvorlig sykdomsforløp, samt andre spørsmål relatert til prøvetakning -og forsendelse kan vakthavende virolog (kun for helsepersonell) kontaktes via sentralbordet på telefon: 21 07 70 00 (kontortid alle hverdager fra 9-15).
Utførelse og besvarelse av SARS-CoV-2 PCR og sekvensering ved FHI
Primærformålet med referanselaboratoriets testing av overvåkningsprøver er folkehelserettet overvåkning. Samlet oversikt med resultater fra overvåkningen rapporteres løpende i korona-ukerapportene. Ikke alle prøver som FHI mottar vil inngå i analysene, og det er ikke gitt at alle analysesvar går tilbake til innsender, blant annet avhengig av kapasitet, analysenes egenart og innsenders behov. Svar tilbake på enkeltprøver vil ikke alltid kunne påregnes.
Det er likevel etablert en ny rutine for utsvar av sekvenseringsresultater i forbindelse med viktigheten av genotyping av mer smittsomme varianter siden desember 2020. I de tilfellene der det gis ut enkeltsvar vil det som regel gå til laboratoriet som oversendte prøven. Helgenomsekvensering er en tidkrevende analyse og det kan ta flere ukeretter at prøven er kommet til svar foreligger. Prøver velges ut som beskrevet tidligere i dokumentet.
Biosikkerhet ved arbeid med SARS-CoV-2
Regelverk
Arbeidstilsynet vurderer det nye koronaviruset SARS-CoV-2 som smitterisikogruppe 3 (Smitter normalt ikke gjennom luften):
Klassifisering i risikogruppe er ikke ekvivalent med krav til inneslutningsnivå på laboratoriet. Det er type arbeid med SARS-CoV-2 som vil avgjøre riktig inneslutningsnivå.
FHI har gjort en overordnet risikovurdering for arbeid med SARS-CoV-2 på laboratoriet basert på anbefalinger fra WHO og ECDC. Ved landets medisinske mikrobiologiske laboratorier er det etablert gode rutiner for arbeid med ulike pasientmaterialer basert på fortløpende risiko og sårbarhets (ROS) analyser for å trygt kunne håndtere potensielt smitteførende pasientprøver.
FHI vurderer at det for SARS-CoV-2 er særlig arbeid som bidrar til å danne aerosoler, slik som blanding av prøver, risting og sentrifugering, som utgjør en risiko for laboratoriepersonell.
Arbeid som bør foregå i inneslutningsnivå 3
Arbeid som innebærer oppkonsentrering eller oppformering av virus bør utføres ved inneslutningsnivå 3 (BSL3) i sikkerhetsbenk klasse II, med beskyttelsesutstyr i henhold til risikovurdering og inneslutningsnivå. Eksempler på arbeid:
- Dyrking av virus i cellekultur og all håndtering av oppdyrket materiale
- Nøytralisasjonstester
Arbeid som kan utføres utenfor inneslutningsnivå 3
Pasientmateriale
All håndtering av pasientmateriale med mistanke om SARS-CoV-2 bør utføres ved inneslutningsnivå 2 (BSL2) i godkjent sikkerhetsbenk klasse II eller med egnet beskyttelsesutstyr i henhold til risikovurdering.
Generelt bør alle prosedyrer utføres slik at man minimerer risiko for generering av aerosoler og dråper. Eksempler på arbeid:
- Fortynning / fordeling av prøver
- Forberedende åpent arbeid med prøver for molekylærdiagnostikk før inaktivering
- Inokulering av dyrkingsmedier
Molekylærbiologiske analyser og arbeid med bearbeidede prøver
Molekylærbiologiske analyser slik som ekstraksjon av RNA, PCR analyser og sekvensering, samt annet arbeid med inaktiverte og bearbeidede prøver kan utføres i henhold til standard prosedyrer på det lokale laboratoriet med de rutiner og instrumenter som normalt benyttes.
Eksempler på arbeid:
- Bruk av automatiske ekstraksjons- og analyseapparater
- Molekylære analyser av ekstrahert nukleinsyremateriale (PCR, sekvensering etc)
- Avlesning av bakterielle dyrkingsmedier og sekundærutsæd
- Farging og avlesning av fikserte utstryk for mikroskopi
Klinisk kjemiske prøver og serologi
Blod, plasma, serum og urin for rutineanalyser kan håndteres ifølge vanlige rutiner for prøvemateriale der smitterisiko ikke kan utelukkes. Samme tiltak og beskyttelsesutstyr som brukes ved mistanke om andre smittsomme sykdommer kan benyttes.
Folkehelseinstituttets vurderinger gjengitt her er til orientering. Alle laboratorier som utfører arbeid med SARS-CoV- 2 skal selv foreta en lokal risikovurdering for sine arbeidsrutiner for å sikre at arbeid foregår på en sikker måte, og utarbeide lokale retningslinjer og prosedyrer for arbeid.
Templat for risikovurdering
Templat for risikovurdering for arbeid med SARS-CoV-2 er foreslått av WHO:
Dekontaminering
Dekontaminering av overflater og utstyr skal utføres med egnet middel for kappekledde virus og med korrekt virketid. Etanol, hydrogenperoksid, klor, fenolbaserte løsninger og kvartære ammoniumsforbindelser er eksempler på effektive desinfeksjonsmidler.
Transport
Pasientprøver kan transporteres som UN3373 Biologisk stoff kategori B, mens viruskultur eller isolater må transporteres som UN2814 Infeksjonsfremmende stoff, rammer mennesker, kategori A.