Nasjonalt referanselaboratorium for enteropatogene bakterier: Bidrag til å oppdage og oppklare utbrudd
Oppdatert
Referanser til kapitler og avsnitt henviser til metodekapitlene i den nettbaserte Utbruddshåndboka, Veileder i oppklaring av sykdomsutbrudd som skyldes smitte fra mat, vann eller dyr.
Referanselaboratoriet for enteropatogene bakterier ved Folkehelseinstituttet
er det nasjonale senter for overvåking av næringsmiddelbårne bakterier i befolkningen, og er oppnevnt som referanselaboratorium i medisinsk mikrobiologi. Alle påviste Salmonella-isolater og en rekke andre bakterier blir sendt til Referanselaboratoriet fra medisinske laboratorier i Norge.
Plikten til å sende inn smittestoff eller prøvemateriale, etter Referanselaboratoriets nærmere angivelse, er hjemlet i MSIS-forskriften § 2-4a med merknader.
Referanselaboratoriet utveksler rutinemessig enkelte bakterier med Veterinærinstituttet, som har referansefunksjonen innen matområdet (NRL). Denne ordningen, som er unik i verdenssammenheng, gir oss et meget godt grunnlag for samlet overvåking av bakterier fra alle kilder, for å forstå hvordan bakteriene spres, identifisere smittereservoarer og smittekilder, avdekke utviklingstendenser, og for raskt å kunne oppdage, oppklare og stanse utbrudd.
Referanselaboratoriet er presentert på Folkehelseinstituttets nettsider. Her finnes også en oppdatert liste over hvilke bakterier som skal sendes inn rutinemessig og ved utbrudd, de undersøkelser som utføres, og rutinene som skal følges ved prøvetaking og innsending. Rekvisisjonsskjemaet, som alltid skal sendes sammen med bakteriekulturene, finnes også på disse nettstedene.
Laboratoriet samarbeider med andre avdelinger ved Folkehelseinstituttet og med eksterne laboratorier om agens der laboratoriet selv ikke utfører analyser. Laboratoriet kan gi nærmere opplysninger om hvor ulike smittestoffer skal sendes i henhold til gjeldende bestemmelser.
Bakterieisolater sendes i renkultur (dersom ikke annet er presisert) sammen med utfylt rekvisisjonsskjema til:
Nasjonalt referanselaboratorium for enteropatogene bakterier, Nasjonalt folkehelseinstitutt, Postboks 4404 Nydalen, 0403 Oslo.
Telefon: 21 07 64 24. Telefaks: 21 07 65 18. E-post: sman-reflab@fhi.no
Ved utbrudd kan Referanselaboratoriet bidra med følgende:
- Oppdage utbrudd: Referanselaboratoriet foretar løpende overvåking av smittestoffer isolert fra pasienter fra hele landet ved hjelp av fenotypiske og genotypiske markøranalyser (avsnitt 10.1), og kan dermed oppdage en økning av én enkelt stamme med spesielle egenskaper (avsnitt 4.2). Ved mistanke om utbrudd varsler laboratoriet Utbruddsgruppa ved Folkehelseinstituttet (avsnitt 5.1), og bidrar til oppklaringen av utbruddet med mikrobiologiske metoder (avsnitt 10.1).
- Avkrefte mistanken om utbrudd: Referanselaboratoriet kan avsløre at pasientene i det mistenkte utbruddet har forskjellige etiologisk diagnoser (avsnitt 4.3), og dermed avkrefte mistanken om at det foreligger et utbrudd av samme sykdom. Referanselaboratoriet kan også undersøke om smittestoff fra pasientene er identiske eller tilhører klart forskjellige varianter eller subtyper (avsnitt 10.1). Hvis pasientisolatene er klart forskjellige, er det usannsynlig at det foreligger et felleskildeutbrudd, dersom ikke en tilsvarende variasjon kan påvises i den mistenkte smittekilden.
- Formulere en spesifikk kasusdefinisjon: Ved å detaljkarakterisere smittestoff isolert fra pasientene i utbruddet, kan Referanselaboratoriet bidra til å formulere en spesifikk kasusdefinisjon, slik at etterforskningen kan konsentreres om dem det gjelder (kapittel 6).
- Bidra til å sikre optimal prøvetaking og analyse: Referanselaboratoriet kan gi råd, veiledning og informasjon til helsetjenesten og til medisinsk mikrobiologiske laboratorier for å sikre optimal prøvetaking og analyse av prøver fra pasienter, smittekontakter og smittebærere.
- Avdekke internasjonale forgreninger av utbruddet: Ved utbrudd som kan ha internasjonale forgreninger, kontakter Referanselaboratoriet, i samarbeid med Utbruddsgruppa ved Folkehelseinstituttet, utenlandske laboratorier og internasjonale systemer for mikrobiologisk overvåking (FWD-ECDC), med spørsmål om de har hatt enkelttilfeller eller utbrudd med det aktuelle smittestoffet i det siste, eller om smittestoffet nylig er påvist i matkjeden. Slik kan et internasjonalt utbrudd avdekkes, og de berørte landene kan samarbeide om oppklaringen.
- Avgjøre om nye kasus tilhører utbruddet: Referanselaboratoriet kan avgjøre om nye pasienter tilfredsstiller kasusdefinisjonen, ved å undersøke om smittestoff isolert fra pasientene har egenskaper som er karakteristiske for utbruddet (kapittel 6).
- Danne hypoteser om årsaken til utbruddet: På grunnlag av sin løpende overvåking av smittestoffer fra befolkningen, kan Referanselaboratoriet, i samarbeid med Veterinærinstituttets NRL-laboratorium, bidra til å danne hypoteser om smittekilden ved å:
- sammenligne utbruddsstammen med smittestoff fra tidligere utbrudd der smittekilden er kjent,
- sammenligne utbruddsstammen med tilsvarende nonhumane smittestoffer som laboratoriet mottar fra Veterinærinstituttet, for å avdekke hvor den ansvarlige bakterien er påvist tidligere og i det siste, og
- undersøke om utbruddsstammen har et kjent reservoar i Norge.
Referanselaboratoriet kan også henvende seg til utenlandske referanselaboratorier med spørsmål om de, på bakgrunn av sin overvåking, har ideer om hva smittekilden kan være, og eventuelt kontakte andre laboratorier i Norge.
- Utprøve hypotesene og bidra til å avsløre smittekilden: Referanselaboratoriet kan bidra til å avsløre årsaken til utbruddet ved å sammenligne smittestoff isolert fra pasientene med tilsvarende smittestoff påvist i mistenkte smittekilder, og med kontrollstammer som ikke er relatert til utbruddet, for å bekrefte, styrke eller avkrefte hypotesene (avsnitt 10.1).
- Spore årsaken til utbruddet gjennom produksjonskjeden: Referanselaboratoriet kan bidra til å avdekke årsaken til at smittekilden ble kontaminert, ved å sammenligne utbruddstammen med smittestoffer som er isolert på ulike trinn i produksjons- og distribusjonskjeden (kapittel 11).