Genetikk i Den norske mor, far og barn-undersøkelsen
Artikkel
|Oppdatert
Dataene fra Den norske mor, far og barn-undersøkelsen (MoBa) muliggjør forskning på sammenhengen mellom genetiske faktorer og sykdom generelt, så vel som forskjellen mellom å arve en genetisk variant fra mor eller far.
Genetikk i MoBa
MoBa inneholder informasjon fra omkring 114 000 barn, 95 000 mødre og 75 000 fedre. For de fleste deltakerne er det samlet inn blodprøver (DNA, plasma, fullblod) i perioden 1999–2009. Ettersom MoBa har prøvemateriale fra trioer (mor, far og barn), er studien godt egnet til å forstå hvordan genetiske faktorer påvirker sykdom. MoBa Biobank er lokalisert i Oslo ved Folkehelseinstituttet.
Arvestoffet (DNA) er svært ulikt fra person til person. DNA-tråden består av nukleotider. Disse nukleotidene kan bestå av fire ulike molekyler som blir kalt baser. Når man gjør genotyping av DNA, måler man hvilke baser som finnes i veldig mange (for eksempel 500 000) nukleotider.
Man kan tenke på disse basene som markører som kan brukes til å gi informasjon. For eksempel, når gendata fra personer som har en sykdom sammenliknes med gendata fra personer som ikke har den sykdommen kan dette gi en pekepinn om hvor de ulike genene som påvirker sykdommen ligger. For å få gode resultater må man bruke gendata fra mange mennesker.
Mer informasjon om tilgjengelige genetiske data
Mer informasjon om datasettet, hvilke filer som er tilgjengelige og hvordan kvalitetskontrollen ble utført, er tilgjengelig på på MoBa Genetics sin Github-side.
- MoBaGenetics (github.com)
For å få tilgang til genetiske data i MoBa må forsker sende en søknad til MoBa. MoBa forventer at prosjektgrupper innehar den nødvendige kompetansen for å analysere dataene før de søker om tilgang. Merk at det også er en forutsetning at prosjektet har en TSD-konto for å få tilgang til genetiske data og/ eller metyleringsdata.
Genotyping
Genotypingen av DNA-prøvene er et samarbeidsprosjekt, utført hovedsakelig i tre forskningsprosjekter (se under), samt flere mindre prosjekter.
HARVEST - Per Minor Magnus, FHI og Pål Njølstad, UiB (Prosjektledere)
- 33 000 prøver (11 000 trioer)
- Analysert på Illumina HumanCoreExome ved Genomics Core Facility Trondheim
ERC (HARVEST) - Pål Njølstad, UiB (Prosjektleder)
- 27 000 prøver (9 000 trioer)
- Analysert på Illumina Global Screening Array ved ERASMUS MC
NORMENT - Ole Andreassen, UiO/OUS (Prosjektleder)
- >100 000 prøver (>30 000 trioer)
- Analyseres på Illumina OmniExpress ved deCODE
Epigenetikk
Data fra epigenome-wide association study (EWAS) er tilgjengelig for forskning i MoBa. EWAS er en undersøkelse der man analyserer et sett med kvantifiserbare epigenetiske markører i DNA, for eksempel DNA-metylering.
Mer informasjon om epigenetikk og DNA metylering:
- Metyleringsdata i MoBa
- Epigenetikk (wikipedia.org)
- DNA-metylering (wikipedia.org)
Kontaktinformasjon
- For spørsmål om MoBaGenetics, vennligst kontakt MorBarnData@fhi.no
- For andre spørsmål, vennligst kontakt mobaadm@fhi.no