Det er tett samarbeid nasjonalt mellom de ulike myndighetene under øverste ledelse av Landbruks- og matdepartementet og Helse- og omsorgsdepartementet.

Folkehelseinstituttet: har ansvar for overvåking av sykdom hos mennesker, rådgivning om smittevern for mennesker og vaksineberedskap. Instituttet deltar i internasjonale overvåkingsnettverk innen smittevern og gir råd og informasjon til helsemyndighetene, helsetjenesten og publikum om sykdom, smitte, smittevern og vaksinasjon. Instituttet er også ansvarlig for at Norge har en leveringsavtale for vaksiner i tilfelle av en influensapandemi.

Helsedirektoratet: har ansvar for beredskap, håndtering og bekjempelse dersom fugleinfluensaviruset spres til mennesker. Direktoratet har myndighet på helselovgivningsområdet og kan iverksette forebyggende tiltak i samfunnet.

Mattilsynet: har ansvar for beredskap, risikohåndtering og bekjempelse av dyresykdommen fugleinfluensa. De setter blant annet i verk overvåkning og kontroll, importforbud og deltar i internasjonale fora.

Veterinærinstituttet: Veterinærinstituttet er nasjonalt referanselaboratorium for fugleinfluensa (aviær influensa) hos dyr. På oppdrag fra Mattilsynet gjennomfører Veterinærinstituttet et overvåkingsprogram på fjørfe, i tillegg til overvåkingsprogram på ville fugler. Veterinærinstituttet har også en rådgivende funksjon og foretar faglige vurderinger og risikoanalyser.

Det er også flere andre nasjonale og internasjonale aktører som deltar inn i arbeidet med fugleinfluensa.