Variantscreening for omikron – oppdatert informasjon
Melding
|Publisert
Denne meldingen er eldre enn 30 dager og informasjonen kan være utdatert
Ta meg til forsidenSom meldt i nyhetsinnlegg på Mikinfo og FHI.no 26.11.2021 er det behov for storskala variantovervåking for den nye omikronvarianten, for tidlig oppdagelse, respons og kartlegging. Formålet er å forsinke utbredelse av varianten i Norge mens man skaffer bedre innsikt i variantens egenskaper og får beskyttet flere med vaksine-boosterdose.
Det er derfor bedt om at SARS-CoV-2 positive prøver i størst mulig grad screenes på en måte som kan skille omikron fra deltavarianten som har vært enerådende siden i sommer. Derfor presiseres at det helsemyndighetene nå ber om, er den testing som er nødvendig for å skille ut omikrontilfeller fra deltatilfeller for flest mulig prøver. Enten fravær av signaturmutasjoner for delta, eller påvisning av signaturmutasjoner for omikron, vil i nåværende epidemiologiske situasjon kunne tolkes som omikronvariant. Det bes ikke om testing for å identifisere andre bekymrings- og interessevarianter i slikt omfang.
Flere laboratorier har nå bygd erfaring for at deres varianttesting skiller pålitelig mellom delta og omikron, med godt samsvar med oppfølgende sekvensering.. Det er da ikke behov for å kategorisere omikron-svar fra variantscreening som “sannsynlige” og kun omikron-svar fra sekvensering som “bekreftede”.
Vi støtter at laboratorier som selv anser seg trygge på sin screeningstrategi for omikron kan rapportere screeningresultatene som “påvist”, uten forbehold.
I praksis vil det være det initielle varianttypingsresultatet som skal være tilgjengelig tidsnok og i tilstrekkelig omfang for den nødvendige oversikt og respons. En mer endelig status for dette prøvesvaret vil forhåpentlig fjerne unødvendig usikkerhet og forventning om ytterligere bekreftelse.
For laboratorier som ikke ennå har fått erfaring som gir dem trygghet for resultatene, anbefaler vi at de første funnene som passer med omikron svares som «sannsynlig» og bekreftes med sekvensering. Dersom erfaring med testen er begrenset, bør en ved sterk epidemiologisk mistanke også følge opp testresultat som ikke indikerer omikron.
Den nasjonale statistikken over omikrontilfeller vil heretter telle sannsynlige og bekreftede tilfeller under ett.
Situasjonen kan endre seg og nye varianter som ikke er delta eller omikron kan begynne å sirkulere. Det må derfor tas høyde for at det kan være behov for å tilpasse variantscreeningmetodene tilsvarende. Selv om variant-PCR resultat er endelig, forblir det viktig at en andel også av variantscreenede prøver blir sekvensert som en del av generell og målrettet overvåking, og at det løpende følges med på at det som påvises og besvares i testen samsvarer med det sekvenseringen viser i etterkant.
Da antallet omikrontilfeller nå allerede er oppe i flere hundre tilfeller, er det ikke lenger behov for at positive analyseresultater fra laboratoriene ringes inn til nasjonalt smittesporingsteam på FHI. Denne praksis kan derfor opphøre. FHI vil innhente informasjon om tilfeller gjennom de registre som vi har tilgjengelig og opprettholde god kommunikasjon med kommunene.
Stor variasjon i hvordan screeningresultater besvares er krevende både for smittesporere og for tolking til variantovervåking i MSIS labdatabasen. Vi anbefaler besvarelse slik:
- Screening for omikron og/eller delta bør fortrinnsvis besvares vha. de respektive variantspesifikke NLK-kodene (NPU60491 og NPU60377), som “Påvist” / “Ikke påvist”.
- Hvis laboratoriet ikke screener for omikron, men bare for delta (NPU60377), så bør resultatet “Ikke påvist” ledsages av kommentar, for eksempel “Forenlig med påvist omikron.”
- NPU60218 «Us-SARS-CoV-2 RNA (variant)» skal besvares narrativt. Det vil si at hvis denne koden brukes til å besvare sammensatt PCR-basert screening, bør man i resultatfeltet enten angi den varianten som er påvist, eller ved manglende funn, angi nøyaktig de aktuelle bekymringsvariantene som er ikke påvist. Koden kan ikke besvares kun med “Ikke påvist”!
- WHO-betegnelsene (omikron, delta osv.) bør brukes i resultat- og kommentarfelt, ikke uformell sjargong som “indisk variant”.
Mer informasjon om virus varianter og rapportering finnes nederst i denne siden på FHI.no: