FHI går over til helgenomsekvensering av bakterier
Artikkel
|Publisert
Folkehelseinstituttet går over til ny teknologi, og baserer fra 1. mars 2018 en stor del av den bakteriologiske referansediagnostikken på helgenomsekvensering. Dette er tidligere informert om via Mikinfo. Vår svartid er forlenget, men forventes normalisert snarlig.
Hva innebærer dette?
Dette innebærer at bakterienes genom fullsekvenseres og resultatene brukes til identifikasjon og karakterisering, som grunnlag for infeksjonsovervåkning. Helgenomseksvensering vil også inngå som en av flere metoder ved utbruddsetterforskning og smittesporing.
Som følge av overgangen til ny teknologi vil mange av de fenotypiske metodene og andre molekylærbiologiske metoder ikke lenger bli brukt rutinemessig.
Folkehelseinstituttet ønsker fortsatt å få tilsendt isolater for dyrking av bakterier og for lagring av isolater i stammebank. Instituttet er positive til å dele sekvensdata med rekvirenter, men dette vil ikke utføres som rutine.
Overgang til helgenomsekvensering vil gi nye muligheter innen smittevernarbeid. Dette har vært en strategisk satsing siden 2014 og prosessen har blitt fremskyndet i 2018 grunnet Folkehelseinstituttets vanskelige økonomiske situasjon.
Den fremskyndede overgangen til ny metodikk kan føre til forsinkelser i svartiden fra Folkehelseinstituttet.
Dette blir endringene
Følgende analyser baseres på helgenomsekvensering (NGS teknologi):
- Identifikasjon og typing av Haemophilus influenzae (systemiske) isolat
- Identifikasjon og typing av Neisseria gonorrhoeae isolat
- Identifikasjon og typing av Neisseria meningitidis (systemiske) isolat (benytter også fenotypisk serogrupping)
- Identifikasjon og typing av Streptokokker, gr. A (systemiske) isolat
- Identifikasjon og typing av EHEC-isolater i HUS-assosierte infeksjoner (benytter også MALDI-TOF og PCR)
- Identifikasjon og typing av andre tarmpatogene E. coli
- Identifikasjon og typing av Shigella
- Identifikasjon og typing av Salmonella (ved mistanke om Salmonella typhi og Salmonella paratyphi, samt for å differensiere S. paratyphi B fra S. paratyphi B Java benyttes serologi og PCR)
- Identifikasjon og typing av patogene Yersinia (MALDI-TOF og Salicintest benyttes for å skille apatogene fra patogene)
- Identifikasjon og typing av Listeria
- Identifikasjon og typing av Campylobacter (blodkultur eller mistanke om utbrudd)
Presisering
- Vibrio isolater analyseres med MALDI-TOF og PCR (for koleratoksin)
- Pneumokokkisolat (ikke systemiske) med penicillin MIC > 2mg/L samles i stammebank for eventuell bekreftelse ved epidemiologisk behov
- Pneumokokker (systemiske) isolat vil samles i stammebank og diagnostikk og karakterisering kan bekreftes med NGS ved epidemiologisk behov
- Adenovirus vil ikke analyseres i perioden 1.mars – 31.desember 2018, men prøvene mottas og fryses for analyser senere i overvåkningshensyn.
- Pasientrettet diagnostikk av Tick-borne encephalittvirus er ikke berørt, men referanseanalyser på TBE blir ikke utført i perioden 1. mars til 31. desember 2018. Prøver mottas og fryses for senere overvåkningshensyn.
Endringene innført 1. mars 2018 har ikke betydning for FHIs arbeid med:
Mykobakterieisolater, Yersinia pestis prøvemateriale, Bacillus anthracis isolat, Brucella sp. isolat, Burkholderia mallei og pseudomallei isolat, Clostridium botulinum isolat PCR type nevrotoksin, Corynebacterium diphteriae isolat PCR toksin og identifikasjon, Francisella tularensis isolat, Legionella isolat, fluer, larver og diverse skadedyr, antistoffundersøkelser på pneumokokker, meningokokker, difteri, tetanus, kikhoste, Brucella, Leptospira eller for noen av våre virologiske analyser.
Følg med på hjemmesiden
Detaljerte oversikter over hvilke analyser som vil gjøres for de ulike agens, vil publiseres på våre hjemmesider. Vi vil holde rekvirenter og samarbeidspartnere løpende orientert.
Eventuelle spørsmål kan rettes til fagdirektør Ulf Dahle.
