HPV-sekvensering for biomarkører
Prosjekt
|Sist endret
HPV-sekvensering er en flerinstitusjonell forskningsgruppe med fokus på 1) HPV Biomarkører 2) HPV Evolusjon 3) HPV metodeutvikling. Forskningsgruppen bruker avansert sekvenserings-teknologi for å undersøke HPV-biomarkører.
Bakgrunn
Humant papillomavirus (HPV) er den etiologiske agenten for livmorhalskreft og andre anogenitale maligniteter samt kreft i hodet/halsen. Vanligvis er HPV-infeksjoner forbigående og løses innen relativt kort tid, typisk 1-2 år. Langvarige HPV-infeksjoner kan imidlertid vare i flere år og kan føre til gradvis transformasjon til kreft. Hvorfor typisk godartede infeksjoner utvikler seg til ondartede tilstander, forblir ukjent.
Mer enn 200 HPV-typer er karakterisert. Av disse er fjorten kreftfremkallende HPV-typer (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 og 68) ansvarlige for nesten alle HPV-induserte kreftformer.
Metodeutvikling
Høykapasitets HPV-genotyping ved bruk av NGS-teknologi kan øke sensitiviteten og spesifisiteten både i kliniske og epidemiologiske sammenhenger. Vi har utviklet en arbeids- og kostnadseffektiv genotyping-protokoll med forbedret analytisk sensitivitet og spesifisitet. I tillegg til å identifisere kreftfremkallende og andre HPV-typer, tillater protokollen vår karakterisering av nukleotiddiversitet i målgene relevant for studier av patogenutvikling og vaksineflukt.
HPV-genotyping for kreftrisikoprediksjon baserer seg ofte på genet som koder for den virale kapsiden; målestokken for HPV-taksonomi. Imidlertid finnes årsakssammenhenger mellom virale varianter og kreftutvikling andre steder i det virale genom. Derfor har vi utviklet en helgenomsekvenseringsmetode for HPV (HPV-WGS) for optimal oppløsning i pågående søk etter sammenhenger mellom virale varianter og kreftutvikling.
Vår forskningsgruppe har avdekket at HPV-populasjoner innenfor en pasient er mye mer variabel enn tidligere kjent. Vi ønsker å undersøke denne variabiliteten, hvordan den endres gjennom en infeksjon hos de samme pasientene og om noen varianter har større sannsynlighet for å utvikle kreft. For å oppnå dette vil vi helgenomsekvensere høyrisiko HPV-typer fra tusenvis av kliniske cervikale prøver og undersøke det dynamiske forholdet mellom HPV-mutasjoner, infeksjonsvarighet og kreftfare.
Om prosjektet
Prosjektansavarlige:
- Trine Rounge - Kreftregisteret, trine.rounge@kreftregisteret.no
- Ole Herman Ambur - OsloMet, ole-herman.ambur@oslomet.no
- Irene Kraus Christiansen - Ahus, Irene.Kraus.Christiansen@ahus.no
Samarbeidspartnere:
- Pekka Ellonen, Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM)
- Racheal Mandishora, University of Zimbabwe
- Mari Nygård, Kreftregisteret
- Ameli Tropé, Kreftregisteret
- Audrey King, National Institute for Public Health and the Environment (RIVM)
- Pascal van der Weele, National Institute for Public Health and the Environment
- Ignacio Bravo, Le Centre national de la recherche scientifique (CNRS), France
REK: Prosektet er godkjent i Regionale komiteer for medisinsk og helsefaglig forskningsetikk (ref: 2017/447).
Varighet: April 2017 - pågående