NOR-WGS: Forbedret infrastruktur for helgenomsekvensering
Artikkel
|Publisert
Målet med prosjektet er å utvide og styrke FHIs kapasitet på mikrobiologisk helgenomsekvensering for overvåkning og utbruddsoppklaring. Prosjektet er finansiert gjennom EU4Health-programmet og vil vare frem til 31.12.2025.
Prosjektet er organisert i 7 arbeidspakker (Figur 1), hvor hoveddelen av arbeidet vil foregå i arbeidspakkene 5-7.
I arbeidspakke 5 vil vi jobbe med å digitalisere laboratoriearbeidet som gjøres i helgenomsekvenseringen (NGS). Dette inkluderer mottak av elektroniske rekvisisjoner, digitalisering av instrumenter og kobling mot et sentralt datasystem (LIMS), samt elektronisk utsvar av NGS-analysene til rekvirent.
I arbeidspakke 6 vil vi utvikle nye NGS-protokoller og metoder for mikrobielle agens som kan skape alvorlige utbrudd eller sykdom. For å styrke beredskapen ønsker vi også å utvikle NGS-metoder for potensielle nye og ukjente agens.
I arbeidspakke 7 vil vi utvikle verktøy for analyse, visualisering, og deling av NGS-data. Vi vil integrere analyseverktøyene med datasystemet (LIMS) fra arbeidspakke 5 for å få en helhetlig sammenheng mellom prøvemottak, laboratoriet og analyser.
Om prosjektet
Start: 01.10.2022 - Slutt: 31.12.2025
Status: Pågående
Prosjektleder: Christine Genevieve Monceyron Jonassen
Prosjekteier/prosjektansvarlig:
Folkehelseinstituttet
Prosjektdeltakere:
- Kathrine Stene-Johansen
- Bente Børud
- Trine M. L’Abée-Lund
- Karoline Bragstad
- Margarita Novoa Garrido
- Olav Hungnes
- Kristine Brodahl
- Rikard Rykkvin
- Jon Bråte
- Ignacio Garcia Llorente
- Benedikte N. Pedersen
- Kristian Alfsnes
- Vegard Eldholm
- Torstein Aune
- Zuzana Nordeng
- Astrid Louise Wester
- Anne Torunn Mengshoel