På grunn av koronapandemien har ikke laboratoriet ved FHI inntil videre kapasitet til å utføre Hepatitt C-virus helgenomssekvensering inkludert resistensbestemmelse og genotyping. Vi beklager ulempene dette måtte medføre.

Indikasjon: Pasienter med kjent kronisk HCV-infeksjon der det er indikasjon for:

• oppstart av genotypespesifikk behandling
• påvisning av baseline resistensassosierte mutasjoner (RAS) før behandling
• påvisning av RAS oppstått under behandling (behandlingssvikt)

Analysen er arbeidskrevende og utføres derfor i prøver med tilstrekkelig konsentrasjon av HCV-RNA slik at dekningen av sekvensert genom gir tolkbare resultater. For genotyping ligger nedre grense per i dag på ca. 10 000 IU/ml, mens for fullstendig resistensundersøkelse trengs betydelig høyere konsentrasjon, helst over 100 000 IU/ml.

Prøvemateriale: minimum 1 ml serum eller EDTA-plasma.  Dersom det er utført kvantitering av HCV-RNA ved lokalt laboratorium ber vi om at analyseresultatet oppgis, hvis ikke må HCV-kvantitering utføres på ny ved FHI for å bekrefte tilstrekkelig viruskonsentrasjon. Det kreves da til sammen 2 ml prøvemateriale. 

Rekvirering: Utfylt rekvisisjon med klinisk problemstilling, opplysninger om eventuell aktuell og tidligere behandling og nylig HCV-RNA kvantiteringsresultat fra lokalt laboratorium sendes sammen med prøven til Folkehelseinstituttet.

Undersøkelsesprinsipp: Helgenom NGS-basert metode ved bruk av virusspesifikke prober for anrikning (VirCapSeq, Roche) og sekvensering med Illumina-teknologi. Helgenomsekvensering muliggjør påvisning av RAS i hele HCV-genomet. Analyseverktøyet HCV-GLUE benyttes for identifisering av RAS. Metoden vil også kunne påvise genotype og ko-infeksjon med ulike genotyper.

Svartid: 3-4 uker.

Tolkning: Analysen vil besvares med HCV genotype, samt eventuelle påviste RAS med tolkning knyttet til ulike antivirale medikament. Dersom det foreligger manglende dekningsgrad av genomet for å kunne vurdere forekomst av enkelte RAS vil dette kommenteres i svarbrevet. For ytterligere informasjon og lenker til forskningsartikler om betydning av ulike RAS vises til HCV-GLUE databasen. Alle NGS-undersøkelser av HCV vil inngå i RAVN (Resistensovervåking av virus i Norge)

Akkreditering: analysen er ikke akkreditert.