Analyse av SARS-CoV-2 ved Folkehelseinstituttet

Folkehelseinstituttet er nasjonalt referanselaboratorium for koronavirus med alvorlig utbruddspotensiale. 

Innsending av utvalgte SARS-CoV-2-isolater for viruskarakterisering ved FHI for overvåkningsformål  

Det er svært viktig at SARS-CoV-2-positive prøver sendes inn fra mikrobiologiske laboratorier til referanselaboratoriet ved FHI for videre analyse. Prøver som sendes inn til referanselaboratoriet ved FHI vil i stor grad bli forsøkt helgenomsekvensert. Det kan også være aktuelt å dyrke virusene for videre analyse. Dette avhenger av primærmateriale i et medium som er forenlig med cellekultur, slik som VTM/UTM. I nasjonal referansefunksjon ligger også en plikt til å opprettholde en nasjonal stammebank. FHI vil ved behov verifisere analyseresultater ved internasjonalt referanselaboratorium.

Nedenfor gis informasjon om hvilke prøver som er mest aktuelle for innsending med hensyn til både generell og målrettet overvåkning, samt pasientinformasjon som bør følge prøvene for korrekt prioritering og kategorisering. 

Viruskarakterisering av isolater for overvåkning 

Sekvensering (for eksempel med helgenomsekvensering) av SARS-CoV-2 kan avdekke mutasjoner i virusets arvemateriale som kan medføre strukturelle og funksjonelle endringer av virusets egenskaper. Endringer i for eksempel spike-proteinet, som binder viruset til vertcellens overflatereseptor, kan medføre høyere smittsomhet og/eller endrede antigene egenskaper.

Det er behov både for generell (representativt tverrsnitt) og målrettet overvåkning av SARS-CoV-2 i Norge. Målet med overvåkningen er å overvåke koronavirus i Norge, undersøke forekomst og spredning av de mest smittsomme variantene, samt oppdage varianter ved reinfeksjoner, vaksinesvikt, atypisk/alvorlig sykdomsforløp og test-escape. På denne måten kan smitteveier identifiseres og mer målrettede smitteverntiltak igangsettes, vaksine-escape-varianter avdekkes og mer kunnskap om virusets egenskaper til sykdom erverves.

Generell overvåkning: 

For generelt overvåkningsformål bes laboratoriene som tester for SARS-CoV-2 om å sende rutinemessig 25 prosent av positive prøver. Dersom antallet påvisninger er slik at 25 prosent blir 10 eller færre per uke, bes det at alle prøvene oversendes. Dersom 25 prosent av de positive på et laboratorium overstiger 50 prøver pr uke, skal det ikke innsendes mer enn 50 for generell overvåking.

Utvalget som oversendes for generelt overvåkningsformål bør tilstrebes å være representativt for SARS-CoV-2-positive i laboratoriets opptaksområde.

Vennligst merk rekvisisjonene tydelig med “SARS-CoV-2 OVERVÅKNINGSPRØVE” og påfør prøvens ct-verdi. Prøvene som velges ut bør inneholde tilstrekkelig mengde SARS-CoV-2-virus til at helgenomsekvensering og eventuell virusdyrking er mulig, og ct-verdi bør derfor helst ligge under 30.

Laboratorier som gjør fortløpende helgenomsekvensering av et tilstrekkelig antall representative positive prøver, og har en fungerende ordning for deling av sekvensene med FHI, kan etter nærmere avtale oppfylle deler av innsendingsplikten til referanselaboratoriet gjennom deling av sekvenser og tilhørende metadata. Et mindre utvalg av positive prøver må likevel oversendes da innsendingsplikten også tjener andre formål enn sekvensering (nasjonal stammebank, virusdyrking, kvalitetssikringsformål m.m.).

I tillegg bes det om oversendelse av positive prøver for målrettet overvåkning, se under.

Målrettet overvåkning:

1. Mistenkt importsmitte.
2. Spesielle epidemiologiske forhold, inkludert mistanke om rask og ukontrollerbar smittespredning til tross for gode smitteverntiltak, spesielt i institusjoner (sykehjem, sykehusavdelinger), i skoler/ barnehager og på ulike arbeidsplasser o.l. Det anbefales at det sendes inn prøver fra 5-10 smittede i et utbrudd. Jo større utbruddet er, desto viktigere er det å sende inn prøver fra flere smittede og som er smittet på ulike smittetidspunkter.
   Prøvene bør velges ut strategisk slik at de representerer utbruddet på en hensiktsmessig måte, gjerne fra indekskasus og personer som er smittet til ulik tid og for eksempel på ulike avdelinger (ved utbrudd på en institusjon). Da blir det lettere å danne seg et bedre bilde av utbruddets omfang og om det dreier seg om en eller flere virusvarianter, og om det sirkulerer særlig smittsomme varianter
3. Indikasjon på reinfeksjon.
4. Mistanke om vaksinesvikt.
5. Atypisk eller alvorlig sykdomsforløp.
6. Mistanke om test-escape (for eksempel prøver som gir motstridende resultater i ulike tester).

For slik målrettet overvåkning, for etterspurt oversendelse av bestemte prøver for smittesporing, eller behov for referanseundersøkelse/bekreftende testing, er det vesentlig at indikasjonen for oversendelse er tydelig ført på remissen.

Rekvisisjon bør inneholde følgende pasientrelatert informasjon ved innsendelse av prøve: 

• Testresultat, inkludert ct-verdi som gir indikasjon om virusmengde i prøven. Ct-verdi lavere enn 30 gir best resultater ved helgenomsekvensering. Ct-verdi bør følge med slik at templatmengde til sekvensering kan innstilles. Dersom ikke verdien inkluderes på remissen, vil det kunne medføre forsinkelser i analysering. Eventuelt resultat fra variantspesifikk PCR bør også opplyses.   
• Aktuell reiseanamnese.  
• Ved utbruddsoppklaring, bør det angis på rekvisisjonen hvilket utbrudd prøven tilhører.  
• Innlagt/poliklinisk/annen institusjon.  
• Dersom pasienten er vaksinert mot covid-19, tidspunkt for 1. og 2. dose, navn på vaksine dersom tilgjengelig. 
• Smittetidspunkt. 
• Tidspunkt for symptomdebut / asymptomatisk. 
• Ved alvorlig eller atypisk sykdomsforløp skal dette beskrives nærmere.  

Forsendelse 

Kommuneoverlege/behandlende lege tar kontakt med lokalt laboratorium og gir dem beskjed om å sende utvalgte prøver til FHI med kliniske opplysninger og indikasjon for sekvensering.

For mikrobiologiske laboratorier:

Hasteprøver sendes direkte med budbil til prøvemottaket på FHI mellom 9-14 på hverdager. Biologisk materiale og prøver som skal til Folkehelseinstituttet på Lindern kan sendes: 

• Med post: Folkehelseinstituttet, Felles prøvemottak, Postboks 4404 Nydalen, 0403 OSLO. 
• Med budbil: Folkehelseinstituttet, Felles prøvemottak, Lovisenberggata 6, 0456 OSLO.

Prøvemottaket er ikke bemannet på lørdager og søndager. Dersom det er nødvendig med forsendelse som ankommer FHI i helg, må dette forhåndsavtales med mikrobiologisk beredskapsvakt, tlf. 952 14 993 (døgnbemannet).  

Kontaktinformasjon ved spørsmål om indikasjon for sekvensering  

• Importtilfeller og utbrudd nevnt under pkt. 1 og 2, kan smittevernvakta (kun for helsepersonell) kontaktes på telefon: 21 07 70 00 (sentralbord) eller 21 07 63 48 (utenom kontortid alle hverdager).
• Reinfeksjon, vaksinesvikt, atypisk eller alvorlig sykdomsforløp nevnt under pkt. 3, 4 og 5, samt andre spørsmål relatert til prøvetakning -og forsendelse kan vakthavende virolog (kun for helsepersonell) kontaktes via sentralbordet på telefon: 21 07 70 00 (kontortid alle hverdager fra 9-15). 

Utførelse og besvarelse av SARS-CoV-2 PCR og sekvensering ved FHI 

Analysene ved referanselaboratoriet på FHI utføres på hverdager, men på helt spesielle indikasjoner også utenfor vanlig arbeidstid etter avtale. For hurtig analyse ved FHI ønskes det at eluat sendes sammen med primærprøve, hvis mulig.  

Helgenomsekvensering er en tidkrevende analyse og det kan ta minst 10 dager til to uker etter at prøven er kommet til svar foreligger.  Prøver velges ut fra pasientinformasjon og dersom dette vil ha konsekvenser for videre smittevernshåndtering. Det er også etablert hurtigere metoder som spesifikt gir svar på om de mest aktuelle virusvarianter er til stede i prøven.  

Analysene som gjøres er for nasjonal overvåkning av koronavirus. Ikke alle prøver som FHI mottar vil inngå i analysene, og svar tilbake på enkeltprøver vil ikke alltid kunne påregnes. Det er likevel etablert en ny rutine for utsvar av sekvenseringsresultater i forbindelse med viktigheten av genotyping av mer smittsomme varianter siden desember 2020. Samlet oversikt med resultater fra overvåkningen rapporteres ukentlig i korona-ukerapportene.

Ved målrettet overvåkning av spesielt utvalgte prøver, vil viktige og avgjørende resultater fra helgenomsekvensering varsles telefonisk til kommuneoverlege. Prøver som undersøkes på spesiell indikasjon eller får et resultat som er viktig å få kommunisert ut, blir meddelt telefonisk.

Biosikkerhet ved arbeid med SARS-CoV-2

Regelverk

Arbeidstilsynet vurderer det nye koronaviruset SARS-CoV-2 som smitterisikogruppe 3³ (Smitter normalt ikke gjennom luften):

• Koronavirus: Tiltak i arbeidslivet (Arbeidstilsynet)

Smittespredning kan skje ved dråpe- og aerosolspredning. Arbeid som bidrar til å danne aerosoler, slik som blanding av prøver, risting, sentrifugering og sonikering utgjør en særlig risiko for laboratoriepersonell.

Klassifisering i risikogruppe er ikke ekvivalent med krav til inneslutningsnivå på laboratoriet. Det er type arbeid med SARS-CoV-2 som vil avgjøre behov for bruk av inneslutningsnivå 3 (BSL3).

FHI har gjort en overordnet risikovurdering for arbeid med SARS-CoV-2 på laboratoriet basert på anbefalinger fra WHO og ECDC. Ved landets medisinske mikrobiologiske laboratorier er det etablert gode rutiner for arbeid med ulike pasientmaterialer basert på fortløpende risiko og sårbarhets (ROS) analyser for å trygt kunne håndtere potensielt smitteførende pasientprøver.  

FHI vurderer at det for SARS-CoV-2 er særlig arbeid som bidrar til å danne aerosoler, slik som blanding av prøver, risting og sentrifugering, som utgjør en risiko for laboratoriepersonell.

Arbeid som bør foregå i inneslutningsnivå 3:

Arbeid som innebærer oppkonsentrering eller oppformering av virus bør utføres ved inneslutningsnivå 3 (BSL3) i sikkerhetsbenk klasse II, med beskyttelsesutstyr i henhold til risikovurdering og inneslutningsnivå. Eksempler på arbeid:

• Dyrking av virus i cellekultur og all håndtering av oppdyrket materiale
• Nøytralisasjonstester

Arbeid som kan utføres utenfor inneslutningsnivå 3

Pasientmateriale

All håndtering av pasientmateriale med mistanke om SARS-CoV-2 bør utføres ved inneslutningsnivå 2 (BSL2) i godkjent sikkerhetsbenk klasse II eller med egnet beskyttelsesutstyr i henhold til risikovurdering.

Generelt bør alle prosedyrer utføres slik at man minimerer risiko for generering av aerosoler og dråper. Eksempler på arbeid:

• Fortynning / fordeling av prøver
• Forberedende åpent arbeid med prøver for molekylærdiagnostikk før inaktivering
• Inokulering av dyrkingsmedier

Molekylærbiologiske analyser og arbeid med bearbeidede prøver

Molekylærbiologiske analyser slik som ekstraksjon av RNA, PCR analyser og sekvensering, samt annet arbeid med inaktiverte og bearbeidede prøver kan utføres i henhold til standard prosedyrer på det lokale laboratoriet med de rutiner og instrumenter som normalt benyttes. Eksempler på arbeid:

• Bruk av automatiske ekstraksjons- og analyseapparater
• Molekylære analyser av ekstrahert nukleinsyremateriale (PCR, sekvensering etc)
• Avlesning av bakterielle dyrkingsmedier og sekundærutsæd
• Farging og avlesning av fikserte utstryk for mikroskopi

Klinisk kjemiske prøver og serologi

Blod, plasma, serum og urin for rutineanalyser kan håndteres ifølge vanlige rutiner for prøvemateriale der smitterisiko ikke kan utelukkes.  Samme tiltak og beskyttelsesutstyr som brukes ved mistanke om andre smittsomme sykdommer kan benyttes.

Folkehelseinstituttets vurderinger gjengitt her er til orientering. Alle laboratorier som utfører arbeid med SARS-CoV- 2 skal selv foreta en lokal risikovurdering for sine arbeidsrutiner for å sikre at arbeid foregår på en sikker måte, og utarbeide lokale retningslinjer og prosedyrer for arbeid.

Templat for risikovurdering

Templat for risikovurdering for arbeid med SARS-CoV-2 er foreslått av WHO: 

• Laboratory biosafety guidance related to coronavirus disease 2019 (COVID-19) (annex 2).

Dekontaminering

Dekontaminering av overflater og utstyr skal utføres med egnet middel for kappekledde virus og med korrekt virketid.  Etanol, hydrogenperoksid, klor, fenolbaserte løsninger og kvartære ammoniumsforbindelser er eksempler på effektive desinfeksjonsmidler.

Transport

Pasientprøver kan transporteres som UN3373 Biologisk stoff kategori B, mens viruskultur eller isolater må transporteres som UN2814 Infeksjonsfremmende stoff, rammer mennesker, kategori A.