Hopp til innhold

Valgte elementer er lagt i handlekurven

Gå til handlekurv

Tarmpatogene E.coli

Publisert

Veiledere_liggende_Mikrobiologiske-laboratorieundersøkelser.png

FHI har referansefunksjon for tarmpatogene E.coli.


Har du funnet en feil?

FHI har referansefunksjon for tarmpatogene E.coli; eae-positive E. coli (atypisk enteropatogen E. coli [aEPEC] eller EHEC-lost shigatoksin [EHEC-LST]), typisk EPEC (tEPEC), enteroinvasiv E. coli (EIEC), enterotoksigen E. coli (ETEC) og enteroaggregativ E. coli (EAEC).

Hensikten er å bidra til nasjonal epidemiologisk overvåking, utbruddsetterforskning, forebygging og bekjempelse av tarmpatogene E. coli-infeksjoner. Infeksjoner med tarmpatogene E. coli er meldingspliktig til MSIS.

Alle kliniske førstegangsisolater av tarmpatogene E. coli sendes som renkultur til FHI. Kriterier for innsending av eae-positive E. coli er angitt i Strategimøte nr. 29, 2015 og kun unntaksvis kan blandingskultur av eae-positiv E. coli innsendes. Isolater som påvises ved eventuelt sykdomsresidiv mindre enn 3 måneder etter siste positive prøve skal ikke sendes inn med mindre det foreligger grunn til å mistenke reinfeksjon.  

Renkulturer av isolatene skal sendes inn sammen med utfylt rekvisisjonsskjema.

Alle innsendte tarmpatogene E. coli-isolater verifiseres og helgenomsekvenseres for å kartlegge virulensgener (patogrupper), serotype, sekvenstype (ST) og klustertype (CT) med tanke på molekylærepidemiologisk overvåking. ST og CT bestemmes ved multilokus sekvenstyping (MLST) [1] og kjernegenom MLST [2].

Referanse:

  1. Wirth T, Falush D, Lan R, Colles F, Mensa P, Wieler LH, Karch H, Reeves PR, Maiden MC, Ochman H, Achtman M. (2006). Sex and virulence in Escherichia coli: an evolutionary perspective. (Mol Microbiol. 60(5):1136-51). coli MLST Warwick (EnteroBase)
  2. Escherichia/Shigella cgMLST v1 scheme for EnteroBase (EnteroBase) kjørt i SeqSphere+(Ridom SeqSphere+).