Vaksinasjonsveilederen er delt inn i sju hoveddeler med fagstoff om vaksinasjon, vaksinasjonsvirksomhet og beskrivelse av de enkelte vaksinene. I tillegg inneholder veilederen lenker til skjemaer, forklaring av ord og uttrykk, oppdateringslogg og utdypende tekster om kunnskapsgrunnlaget for influensavaksine. 

Oppdateringer skjer fortløpende. Den tidligere trykte utgaven av Vaksinasjonsboka er utdatert og bør kasseres. Utskrifter av vaksinasjonsveilederen utdateres også  raskt og bør ikke brukes.

Veilederen består av følgende deler:

Generell del om vaksiner, vaksinasjonsvirksomhet og vaksinasjonsprogram 

Den generelle delen dekker en større del av vaksinefaget. Den inneholder basiskunnskap om vaksiner, vaksinasjonsvirksomhet, influensavaksinasjonsprogrammet, barnevaksinasjonsprogrammet og om tilpasning til norsk program for barn som flytter.

Vaksinasjon ved sykdom

Første kapittel i denne delen handler om generelle vurderinger knyttet til det å vaksinere personer med ulike sykdommer/tilstander og om vaksinasjon, både ved akutt og kronisk sykdom. Det er egne kapitler om vaksinasjon ved allergi og vaksinasjon av personer som bruker andre legemidler. Resten av denne delen omhandler vaksinasjon av et utvalg av sykdommer tilstander og spesielle forhold det må tas hensyn til ved vaksinasjon av disse. 

Reisevaksinasjon

Her oppsummeres generelle retningslinjer for vaksinasjon i forbindelse med utenlandsreiser.  Mer detaljert informasjon om nødvendig vaksinasjon finnes på FHI sin temasider om reisevaksine. 

Yrkesvaksinasjon

Her beskrives ansvarsforholdene som gjelder ved vaksinasjon av personer som har økt risiko for å smittes av infeksjonssykdommer i forbindelse med yrkesutøvelse. Det gis eksempler på aktuelle vaksiner for visse yrkesgrupper og visse typer arbeid.

Grupper med behov for visse vaksiner

Her omtales andre grupper som kan ha økt risiko for å smittes med ulike infeksjonssykdommer og anbefalinger om vaksine til disse. Det er egne kapitler om vaksinasjon av rusmiddelbrukere, menn som har sex med menn (msm) og flyktninger og asylsøkere.

Vaksiner mot de enkelte sykdommene 

Denne delen  av Vaksinasjonsveilederen omhandler de vaksinene som er tilgjengelige i Norge. Vaksinene presenteres i alfabetisk rekkefølge etter sykdommene det vaksineres mot. Veilederen har i hovedsak omtale av vaksinetyper, ikke spesifikke vaksineprodukter. Bare i enkelte tilfeller nevnes vaksinens navn. 

For mer detaljerte opplysninger om vaksinene henvises det til Felleskatalogen og til de oppdaterte preparatomtalene (SPC) på Legemiddelverkets nettsted. For enkelte vaksiner uten markedsføringstillatelse i Norge, henvises det til preparatomtaler på andre internettsteder.