Både utbredelsen av mygg og parasittenes resistens kan variere over små avstander. I tillegg innebærer langvarige opphold til­leggsproblemer i det at ikke alle tilgjengelige legemidler er utprøvd for langtidsbruk. Meflokin (Lariam®) kan brukes i profylaksedoser i flere år. Den tidligere begrensning på hvor lenge man bør bruke atovakvon-proguanil falt bort i 2012, og beslutningen om hvor lenge dette medikamentet kan brukes tas av utskrivende lege

Langtidsprofylakse med hydroksyklorokinsulfat fører ikke til retinopati i de dosene som brukes til malaria­profylakse. Hos leddgiktpasienter brukes imidlertid dagsdoser på størrelse med ukesdosen ved malariaprofylakse, og med slike doser over lang tid anbefales regelmessig kontroll hos øyelege.

Under langtidsopphold kan det også være aktuelt å få barn, og det påvirker valget av profylakseregime for kvinner. En gravid og ikke-immun kvinne må vurdere risikoen ved å pådra seg falciparum-malaria opp mot en mulig økt risiko for spontanabort.

Å sette sammen et adekvat regime til langtids­reisende, ev. med barn, kan være komplisert. Ved tvil, bør en konsultere spesialist. Det er dessuten et godt råd å forhøre seg med organisasjoner som er representert i det aktuelle området og andre som har vært der tidligere.