Hopp til innhold

Få varsel ved oppdateringer av «Påvisning og overvåkning av SARS-CoV 2-virusvarianter»

Hvor ofte ønsker du å motta varsler fra fhi.no? (Gjelder alle dine varsler)
Ønsker du også varsler om:

E-postadressen du registrerer her vil kun bli brukt til å sende ut nyhetsvarsler du har bedt om. Du kan når som helst avslutte dine varsler og slette din e-post adresse ved å følge lenken i varslene du mottar.
Les mer om personvern på fhi.no

Du har meldt deg på nyhetsvarsel for:

  • Påvisning og overvåkning av SARS-CoV 2-virusvarianter

Påvisning og overvåkning av SARS-CoV 2-virusvarianter

Kapitlet beskriver særtrekk ved ulike SARS-CoV-2 virusvarianter med henblikk på laboratoriepåvisning og rapportering til MSIS laboratoriedatabasen.

Kapitlet beskriver særtrekk ved ulike SARS-CoV-2 virusvarianter med henblikk på laboratoriepåvisning og rapportering til MSIS laboratoriedatabasen.


Innhold på denne siden

SARS-CoV-2 varianter

Nye varianter av virus oppstår hele tiden, og naturlig seleksjon gjør at virus som gir for eksempel høyere smittsomhet eller som bedre unngår immunitet, etter hvert vil dominere. Dette er virusvarianter som kan ha ulike egenskaper som gir bedre opptak i vertscellen, øker replikasjonsraten, som kan resultere i økt utskillelse av smittsomme viruspartikler over lengre tidsrom, eller gjør at viruset rammes mindre av immunitet mot andre varianter. Disse variantene kan gi mildere, lik eller mer alvorlig sykdom.

Det finnes mange varianter av SARS-CoV-2, og viruset er i stadig endring. De fleste endringer i viruset er av liten eller ingen betydning. Noen endringer kan gjøre viruset mindre tilpasningsdyktig eller føre til at viruset blir mer smittsomt. Enkelte endringer i virusets genom kan føre til redusert effekt av vaksine eller redusert beskyttelse etter en tidligere infeksjon. Kombinasjonen av de ulike mutasjonene i et virus kan også ha innvirkning på virusegenskaper mer enn den enkelte mutasjon alene. Ennå er det mye som er uvisst i forhold til endringer i virus og hvilken effekt disse utgjør. Spesielt viktig er endringer i reseptorbindende domene i overflateproteinet spike, disse kan ha innvirkning på både smittsomhet og immunitet. Endringer i N-terminal domene av spike kan også ha innvirkning på immunitet.

Noen varianter er av særlig bekymring (VOC-Variant of Concern, bekymringsvarianter),i  tillegg er det andre varianter (VOI-Variant of Interest, interessevarianter) som det følges ekstra godt med på gjennom overvåkingen, fordi de anses å ha potensiale til å bli bekymringsvarianter.

Definisjoner av VOI og VOC:

Den 26. november ble en ny variant B.1.1.529 (omikron) definert som bekymringsvariant (VOC) av ECDC og WHO. Denne varianten har først blitt observert i Botswana og Sør-Afrika ifølge genomdata publisert i GISAID. B.1.1.529 har et svært høyt antall mutasjoner i spikeproteinet. Viruset gir en økende epidemi i Sør-Afrika. Det er sett sporadiske tilfeller i minst 24 land, hvorav 12 europeiske. Enkelte tilfeller kan ikke spores tilbake til sørlige Afrika. Det er derfor nå fire bekymringsvarianter med dokumentert økt smittsomhet og/eller evne til å unnslippe immunitet i forskjellig grad: B.1.351 (beta), først funnet i Sør-Afrika, P.1 (gamma) først funnet i Brasil B.1.617.2 (delta) først funnet i India, og B.1.1.529 (omikron).

Endringer i spikeproteinet: A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211-212, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F.

Endringer i andre deler av genomet: NSP3 - K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T; NSP4- T492I; NSP5 - P132H; NSP6 – Δ105-107, A189V; NSP12 – P323L; NSP14 – I42V; E – T9I; M – D3G, Q19E, A63T; N – P13L, Δ31-33, R203K, G204R

WHO la 31. mai nye navn for de mest aktuelle virusvariantene for å unngå å bruke geografiske betegnelser. SARS-CoV-2-varianter får navn etter det greske alfabetet, men det er ikke ment å erstatte det faglige navnet som i dag er basert på Pango nomenklatur (se tabell 1).

Nye varianter som blir definert som VOC vil gi økt fokus på påvisning av disse variantene i testing og innrapportering til nasjonal overvåking. Det gir også en bedre mulighet for rapportering av tilfeller internasjonalt, som igjen bidrar til økt oversikt og forståelse av nye bekymringsvarianter som er viktige i videre vurderinger av risiko.

Det er per i dag ikke informasjon som tilsier at vaksinasjon ikke skal gi god nok beskyttelse mot virusvarianter vi kjenner til.

Nedenfor gis en oversikt over unike endringer i bekymringsvariantene pr. i dag som hjelp for å kunne skille mellom dem.

Screening av omikron kan gjøres ved å fokusere på PCR assay mot spikedelesjon 69/70. Preliminære undersøkelser har vist at eksisterende PCR assay som påviser N501Y og NSP6 delesjon 106/108 kan være problematiske. Resultatet bør verifiseres med helgenomsekvensering.

Tabell 1: Oversikt over unike endringer i nåværende og tidligere bekymringsvarianter

 

Bekymringsvarianter (VOC)

Tidligere VOC

Pangolin

B.1.351*

P.1*

B.1.617.2*

B.1.1.529

B.1.1.7*

WHO-navngivning

Beta

Gamma

Delta

Omikron

Alfa

NSP6 Delesjon 106-108

(ORF1a 3675-3677)

X

X

 

X**

X

Spike Delesjon 69/70

 

 

 

X

X

Spike N501Y

X

X

 

X

X

Spike K417N

X

 

 

X

 

Spike E484K/A/Q

X(E484K)

X (E484K)

 (X)***

X (E484A)

 

Spike K417T 

 

X

 

 

 

Spike L452R 

 

 

X

 

 

Spike T478K

 

 

X

X

 

Spike A570D

 

 

 

 

X

Spike P681R/H

 

 

X (P681R)

X (P681H)

X (P681H)

*samt alle undervarianter

** NSP6 Delesjon 105-107 (ORF1a 3674-3676)

***en liten andel delta har hatt E484K, E484A eller E484Q

Tabellen er ikke fullstendig. I tillegg til mutasjonene vist her er det er en rekke andre mutasjoner i virusgenomet som definerer virusene. Vist her er uttrekk av de mest aktuelle nøkkelmutasjoner og endringer. Kunnskap om disse endringene kan brukes for å velge hvilke metoder som vil egne seg best for å påvise de ulike variantene.

Det er viktig å oppdage nye virusvarianter gjennom målrettet overvåkning (utbrudd/import m.m.) og generell overvåking (representativt utvalg) av SARS-CoV-2. Nye virusvarianter oppdages best gjennom helgenomsekvensering av virus, men målrettet screening med PCR for et utvalg viktige mutasjonser er også et raskere alternativ for bekymringsvariantene. PCR-variantscreening supplerer, men erstatter ikke innsending av positive prøver til generell og målrettet overvåking. Det er ikke et mål i seg selv å sekvensere flest mulig prøver, men et godt utvalg av prøver vil være viktig for å ha en god overvåking over virusvarianter som sirkulerer i Norge.

Mer utfyllende informasjon om virusvarianter og virus oppdaget gjennom overvåkingen i Norge finnes i de ukentlige koronarapportene fra FHI:

Det finnes også mer informasjon om forskjellige virusvarianter via PANGO lineages og CoVariants

FHI risikovurderinger knyttet til varianter:

Melding av tilfeller (under oppdatering og ikke endelig)

Resultat av variantanalyser for SARS-CoV-2 skal sendes til MSIS laboratoriedatabasen uansett resultat, på lik linje med andre SARS-CoV-2-analyser, og fortrinnsvis på NLK-koder (se nedenfor). Resultatet av disse analysene ønskes ikke meldt til MSIS, da variantovervåking gjøres mest hensiktsmessig med labdatabasen.

Råd fra Direktoratet for e-helse angående bruk av NLK-koder for besvarelse av SARS-CoV-2 variantanalyser:

Det ble i februar opprettet 5 nye koder for SARS-CoV-2, og i mai ytterligere 3 koder for undervariantene av B.1.617

  • NPU60214, NPU60215, NPU60216, NPU60376, NPU60377, NPU60378 skal benyttes når man ønsker å påvise de nåværende, kjente mutasjonene som sirkulerer. Typisk vil disse påvises ved hjelp av PCR.
    Kodene har egenskapsart arbitrær konsentrasjon, og skal derfor besvares med "Påvist/Ikke påvist".
  • NPU60217 skal kun benyttes når man sekvenserer hele genomet til SARS-CoV-2.
    Denne koden har egenskapsart sekvensvariasjon, og vil ha et narrativt svar.
  • NPU60218 skal benyttes når man søker etter ulike varianter av SARS-CoV-2, som ikke har en spesifikk NLK-kode. Den kan også brukes når analysen ikke kan skille på hvilken spesifikk variant man har påvist. Denne koden har egenskapsart variasjon og vil ha et narrativt svar, for eksempel "V1 eller N501Y.V2 påvist". Det narrative svaret om hva som er påvist bør ligge på resultatnivå i meldingen, med eventuelle utfyllende kommentarer på kommentarnivå.

Oppdatering fra Direktoratet for e-helse 01.12.2021:

  • Ny NLK-kode for besvarelse av omikronvarianten (NPU60491) ble opprettet. Samtidig ble norsk bruksnavn for eksisterende variantspesfikke NLK-koder endret til å referere til WHOs variantbetegnelser (alfa, beta osv.).
Tabell 2: Koder for besvarelse av variantanalyser

Kode

Norsk bruksnavn

Egenskapsart

Kodedefinisjon

Type svar

NPU60214

Us-SARS-CoV-2 RNA (Alfa)

arbitrær konsentrasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(B.1.1.7; RNA); arb.c.(proc.) = ?

Påvist/Ikke påvist

NPU60215

Us-SARS-CoV-2 RNA (Beta)

arbitrær konsentrasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(B.1.351; RNA); arb.c.(proc.) = ?

Påvist/Ikke påvist

NPU60216

Us-SARS-CoV-2 RNA (Gamma)

arbitrær konsentrasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(B.1.1.28.1; RNA); arb.c.(proc.) = ?

Påvist/Ikke påvist

NPU60217

Us-SARS-CoV-2 helgenom

sekvensvariasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Genome(SARS-CoV-2); seq.var.(proc.) = ?

Narrativt svar

NPU60218

Us-SARS-CoV-2 RNA (variant)

variasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(RNA); variation(proc.) = ?

Narrativt svar

NPU60376

Us-SARS-CoV-2 RNA (Kappa)

 

arbitrær konsentrasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(B.1.617.1; RNA); arb.c.(proc.) = ?

Påvist/Ikke påvist

NPU60377

Us-SARS-CoV-2 RNA (Delta)

arbitrær konsentrasjon (prosedyreavhengig)

yst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(B.1.617.2; RNA); arb.c.(proc.) = ?

Påvist/Ikke påvist

 

NPU60378

Us-SARS-CoV-2 RNA (B.1.617.3)

arbitrær konsentrasjon (prosedyreavhengig)

 

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(B.1.617.3; RNA); arb.c.(proc.) = ?

Påvist/Ikke påvist

 

NPU60491

Us-SARS-CoV-2 RNA (Omikron)

arbitrær konsentrasjon (prosedyreavhengig)

 

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(B.1.1.529; RNA); arb.c.(proc.) = ?

Påvist/Ikke påvist

 

Det er kun luftveisprøver, sendt inn på virustransportmedium, som egner seg til videre undersøkelser av SARS-CoV 2 virusvarianter. For genteknologiske undersøkelser er de vanligste metodene:

  1. Målrettede real-time PCR assays
  2. Helgenomsekvensering
  3. Sangersekvensering

Målrettede PCR assay

Luftveisprøver som sendes til de mikrobiologiske laboratoriene i dag undersøkes med real-time PCR. For ytterligere informasjon, se Molekylær diagnostikk. Prøver med påvist SARS-CoV-2 kan analyseres videre med en målrettet PCR, for å påvise spesifikke endringer i virusets genetiske materiale. Dette kan gi rask avklaring på om de(n) aktuelle genetiske endringen(e) er til stede i viruspopulasjonen i den aktuelle prøven. Ettersom SARS-CoV-2 endrer seg fortløpende vil etter hvert flere virusvarianter kunne ha noen av de samme mutasjonene/endringene i genomet. Vanligvis er varianter definert av mer enn én enkelt endring, og en real-time PCR som påviser sekvensforskjell på ett enkelt punkt i genomet vil derfor ikke fullstendig identifisere en bestemt variant. Korrelasjon mellom påvist enkeltmutasjon og virusvariant vil avhenge av hvilke andre virusvarianter som forekommer i befolkningen som testes.

Videre kan også andre betydningsfulle virusvarianter oppstå, og det vil da være behov for å etablere nye målrettede PCR-metoder for å kunne detektere disse. Dette krever derfor hele tiden årvåkenhet for og oppdatert kunnskap om de ulike virusvariantene og deres genetiske endringer. Den eneste måten å oppdage nyoppståtte virusvarianter på er ved sekvensering.

Helgenomsekvensering

Helgenomsekvensering er den mest avanserte formen for analyse av virusets genetiske materiale tilgjengelig i dag. Metoden er svært tidkrevende og involverer mange analytiske steg, i tillegg til avanserte bioinformatiske analyser (pipelines). Målet med helgenomsekvensering er å beskrive virusets arvemateriale i sin helhet. Dette muliggjør korrekt identifisering av virus til rett genetisk undergruppe. Dette er spesielt viktig i overvåkningsøyemed. Helgenomsekvensering er den eneste metoden som med sikkerhet vil kunne oppdage nye virusvarianter og tilordne nye virusvarianter korrekt nomenklatur (inndeling i genetiske undergrupper). Helgenomsekvensering er best egnet metode til å utføre løpende overvåkning for utfyllende informasjon om virus som sirkulerer i befolkningen. Overvåkning av virusets genetiske endringer danner derfor et viktig kunnskapsgrunnlag for til enhver tid å ha optimalisert diagnostikk for påvisning av virus.

Helgenomsekvensering krever tilstrekkelig mengde SARS-CoV-2-RNA til stede i prøven, svakt positive prøver egner seg derfor ikke for slik analysering.

Sangersekvensering

Sanger-sekvensering er den konvensjonelle sekvenseringsmetoden som ble utviklet av Sanger og Coulson på midten av 70-tallet. Metoden gir mulighet for å lese den genetiske koden for et ønsket område av virusets RNA. Sanger-sekvensering av SARS-CoV-2 kan designes for å fange opp et område av spike-proteinet og ikke hele virusgenomet. Dette området inneholder likevel det meste av informasjon for å kunne diskriminere mellom de mest aktuelle virusvariantene som vi kjenner i dag, ettersom de fleste mutasjoner av interesse befinner seg i den samme lille region av genomet. Metoden kan også meget lett tilpasses dersom det oppstår behov for å overvåke en annen del av virusgenomet. Metoden er raskere, men gir også mindre utfyllende informasjon enn helgenomsekvensering.

For utdypende informasjon om indikasjon for målrettet overvåking og innsending av prøver se:

Historikk

06.12.2021: Oppdatert med informasjon om ny NLK-kode for omikronvariant, endring av norsk bruksnavn på eksisterende koder til å bruke WHO-betegnelser (alfa, beta osv), samt slettet overflødig kolonne i tabell 2 («Komponent»).

01.12.2021: Oppdatert tabell med nedjustert alfavariant, og informasjon om PCR assay for å påvise mulige omikronvarianter.

26.11.2021: Oppdatert med informasjon om bekymringsvariant (VOC) B.1.1.529 (Ny), tatt ut informasjon om den nedjusterte alfavarianten. Oppdatert tabell 1 «Oversikt over karakteristiske endringer i bekymringsvarianter».

07.09.2021: Oppdatering av tekst og tabell, bekymringsnivået til alfa (B.1.1.7) nedjusteres og alfa regnes ikke lenger som en bekymringsvariant (VOC).

17.06.2021: Oppdatering av lenker til definisjon av bekymringsvarianter (VOC-Variant of Concern)

14.06.2021: Oppdatering av tekst og oppdatert definisjon av bekymringsvarianter (VOC-Variant of Concern).

02.06.2021: Oppdatering av tekst og oppdatert definisjon av bekymringsvarianter (VOC-Variant of Concern) fra alle B.1.617 variantene til å kun gjelde B.1.617.2. Oppdatert med WHO-navngivning for VOC og VOI. Oppdatert nye NLK-koder for bruk ved besvarelse av B.1.617 variantene.

12.05.2021: Oppdatering av tekst og inkludert ny virusvariant som defineres som en VOC-Variant of Concern, bekymringsvariant B.1.617.2

12.05.2021: Oppdatering av tekst og inkludert nye virusvarianter som defineres som bekymringsvarianter (VOC-Variant of Concern) B.1.617.1, B.1.617.2 og B.1.617.3. Alle først sett i India.

12.03.2021: Fjernet «B.1.1.248» i tabellen over endringer i de mest aktuelle virusvariantene og spesielt bekymringsvarianter.

24.02.2021: Lagt inn informasjon om viktige endringer i enkelte virusvarianter med oversikt over de mest vesentlige forskjellene mellom aktuelle varianter.

03.02.2021: Siden ble opprettet