Hopp til innhold
Lukk

Få varsel ved oppdateringer av «Påvisning og overvåkning av SARS-CoV 2-virusvarianter»

Hvor ofte ønsker du å motta varsler fra fhi.no? (Gjelder alle dine varsler)
Ønsker du også varsler om:

E-postadressen du registrerer her vil kun bli brukt til å sende ut nyhetsvarsler du har bedt om. Du kan når som helst avslutte dine varsler og slette din e-post adresse ved å følge lenken i varslene du mottar.
Les mer om personvern på fhi.no

Du har meldt deg på nyhetsvarsel for:

  • Påvisning og overvåkning av SARS-CoV 2-virusvarianter

Oops, noe gikk galt...

... ta kontakt med nettredaksjon@fhi.no.

... last inn siden på nytt og prøv igjen.

Påvisning og overvåkning av SARS-CoV 2-virusvarianter

Publisert Oppdatert

Kapitlet beskriver ulike molekylærbiologiske metoder for videre undersøkelser av SARS-CoV 2 virusvarianter.

Kapitlet beskriver ulike molekylærbiologiske metoder for videre undersøkelser av SARS-CoV 2 virusvarianter.


SARS-CoV-2 er et virus som relativt nylig har krysset artsbarrieren og smittet fra dyr til mennesker.  Viruset smitter effektivt nok mellom mennesker til å gi en pandemi og har dermed fått gode betingelser for å tilpasse seg mennesker som vert. Nye varianter av viruset oppstår hele tiden, og naturlig seleksjon av virus som gir for eksempel høyere smittsomhet (R0), vil etter hvert dominere. Dette er virusvarianter som kan ha ulike egenskaper som gir bedre opptak i vertscellen, øke replikasjonsraten og som kan resultere i økt utskillelse av smittsomme viruspartikler over lengre tidsrom. Disse variantene kan gi mildere, lik eller mer alvorlig sykdom.

Det er i dag flere virusvarianter som gir grunnlag for bekymring. Det er enkelte fellestrekk i gensekvensene til disse virusvariantene som indikerer økt smittsomhet. Antigentester og de etablerte PCR-testene påviser kun tilstedeværelse av virus, og kan ikke skille mellom ulike virusvarianter. Det er viktig å oppdage nye virusvarianter gjennom målrettet overvåkning (utbrudd/import) og generell overvåking (tilfeldig utvalg) av SARS-CoV-2. Det ikke et mål i seg selv å sekvensere flest mulig prøver, men et godt utvalg av prøver vil være viktigst for å ha en god overvåking over virusvarianter som sirkulerer i Norge. En oversikt over virusvarianter som sirkulerer publiseres i FHIs ukerapporter om koronavirus og covid-19-epidemien i Norge.

SARS-CoV-2 varianter

Det finnes mange  varianter av SARS-CoV-2, og viruset er i stadig endring. De fleste endringer i viruset er av liten eller ingen betydning. Noen endringer kan gjøre viruset mindre tilpasningsdyktig eller føre til at viruset blir mer smittsomt. Enkelte endringer i virusets genom kan føre til redusert effekt av vaksine eller beskyttelse etter tidligere gjennomgått infeksjon. Kombinasjonen av de ulike mutasjonene i et virus kan også ha innvirkning på virus egenskaper mer enn den enkelte mutasjon alene. Ennå er det mye som er uvisst i forhold til endringer i virus og hvilken effekt disse utgjør. Spesielt viktig er endringer i reseptor bindende domene i overflateproteinet Spike, disse kan ha innvirkning på smittsomhet og immunitet. Endringer i N-terminal domene av Spike kan også ha innvirkning på immunitet. Noen varianter følges det ekstra godt med på gjennom overvåkingen, mens andre varianter er av særlig bekymring og det er ønskelig at det screenes aktivt for disse.

Nedenfor gis en oversikt over unike endringer i de mest aktuelle virusvariantene og spesielt bekymringsvarianter (markert i fet skrift) pr. i dag som hjelp for å kunne skille mellom dem.

Endring

501Y.V1

B.1.1.7 

501Y.V2

B.1.351 

501Y.V3

B.1.1.248 P.1 

 

B.1.525 

 

B.1.1.29 

Cal.20C

B.1.429 

 

S477N

 

N439K

Delesjon 106-108 NSP6 

X

X

X

X

X

 

 

 

Delesjon 69/70 

Spike 

X

 

 

X

 

 

 

X*

N501Y 

Spike 

X

X

X

 

 

 

 

 

A570D 

Spike 

X

 

 

 

 

 

 

 

K417N 

Spike 

 

X

 

 

 

 

 

 

E484K 

Spike 

 

X

X

X

X

 

 

 

K417T 

Spike 

 

 

X

 

 

 

 

 

L452R 

Spike 

 

 

 

 

 

X

 

 

S477N   Spike         

 

 

 

 

 

 

X

 

N439K 

      Spike

 

 

 

 

 

 

 

X

D796H

       Spike

 

 

 

 

X

 

 

 

*forekommer både med og uten delesjon i spike-proteinet

Endringer i reseptorbindende domene er vist i bold

Tabellen er ikke fullstendig. I tillegg til mutasjonene vist her er det er en rekke andre mutasjoner i virusgenomet som definerer virusene. Vist her er uttrekk av de mest aktuelle nøkkelmutasjoner og endringer. Kunnskap om disse endringene kan brukes for velge hvilke metoder som vil egne seg best for å påvise de ulike variantene.

Oppdatert forekomst av de mest aktuelle virusvariantene finnes på FHI sine statistikksider:

Mer utfyllende informasjon om virusvarianter og virus oppdaget gjennom overvåkingen i Norge finnes i de ukentlige koronarapportene fra FHI:

Det finnes også mer informasjon om forskjellige virusvarianter via PANGO lineages og CoVariants

FHI risikovurderinger knyttet til varianter:

Melding av tilfeller (under oppdatering og ikke endelig)

Resultat av variantanalyser for SARS-CoV-2 skal sendes til MSIS laboratoriedatabasen uansett resultat, på lik linje med andre SARS-CoV-2-analyser, og fortrinnsvis på NLK-koder (se nedenfor). Resultatet av disse analysene ønskes ikke meldt til MSIS, da variantovervåking gjøres mest hensiktsmessig med labdatabasen.

Råd fra Direktoratet for e-helse ang. bruk av NLK-koder for besvarelse av SARS-CoV-2 variantanalyser:

Det ble i Februar opprettet 5 nye koder for SARS-CoV-2.

  • NPU60214, NPU60215, NPU60216 skal benyttes når man ønsker å påvise de nåværende, kjente mutasjonene som sirkulerer. Typisk vil disse påvises ved hjelp av PCR.
    Kodene har egenskapsart arbitrær konsentrasjon, og skal derfor besvares med "Påvist/Ikke påvist".
  • NPU60217 skal kun benyttes når man sekvenserer hele genomet til SARS-CoV-2.
    Denne koden har egenskapsart sekvensvariasjon, og vil ha et narrativt svar.
  • NPU60218 skal benyttes når man søker etter ulike varianter av SARS-CoV-2, som ikke har en spesifikk NLK-kode. Den kan også brukes når analysen ikke kan skille på hvilken spesifikke variant man har påvist.
    Denne koden har egenskapsart variasjon og vil ha et narrativt svar, for eksempel "V1 eller N501Y.V2 påvist". Det narrative svaret om hva som er påvist bør ligge på resultatnivå i meldingen, med eventuelle utfyllende kommentarer på kommentarnivå.

Kode

Norsk_bruksnavn

Komponent

Egenskapsart

Kodedefinisjon

Type svar

NPU60214

Us-SARS-CoV-2 RNA (501Y.V1)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (B.1.1.7; RNA)

arbitrær konsentrasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(B.1.1.7; RNA); arb.c.(proc.) = ?

Påvist/Ikke påvist

NPU60215

Us-SARS-CoV-2 RNA (501Y.V2)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (B.1.351; RNA)

arbitrær konsentrasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(B.1.351; RNA); arb.c.(proc.) = ?

Påvist/Ikke påvist

NPU60216

Us-SARS-CoV-2 RNA (501Y.V3)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (B.1.1.28.1; RNA)

arbitrær konsentrasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(B.1.1.28.1; RNA); arb.c.(proc.) = ?

Påvist/Ikke påvist

NPU60217

Us-SARS-CoV-2 helgenom

Genom (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)

sekvensvariasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Genome(SARS-CoV-2); seq.var.(proc.) = ?

Narrativt svar

NPU60218

Us-SARS-CoV-2 RNA (variant)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (RNA)

variasjon (prosedyreavhengig)

Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(RNA); variation(proc.) = ?

Narrativt svar

Det er kun luftveisprøver, sendt inn på virustransportmedium, som egner seg til videre undersøkelser av SARS-CoV 2 virusvarianter. For genteknologiske undersøkelser er de vanligste metodene:

  1. Målrettede real-time PCR assays
  2. Helgenomsekvensering
  3. Sanger sekvensering

Målrettede PCR assay:

Luftveisprøver som sendes til de mikrobiologiske laboratoriene i dag undersøkes med real time PCR. For ytterligere informasjon se Molekylær diagnostikk. Prøver med påvist SARS-CoV-2 kan analyseres videre med en målrettet PCR, for å påvise spesifikke endringer i virusets genetiske materiale. Dette kan gi rask avklaring på om de(n) aktuelle genetiske endringen(e) er til stede i viruspopulasjonen i den aktuelle prøven. Ettersom SARS-CoV 2 endrer seg fortløpende vil etter hvert flere virusvarianter kunne ha noen av de samme mutasjonene/endringene i genomet. Vanligvis er varianter definert av mer enn én enkelt endring, og en real-time PCR som påviser sekvensforskjell på ett enkelt punkt i genomet vil derfor ikke fullstendig identifisere en bestemt variant. Korrelasjon mellom påvist enkeltmutasjon og virusvariant vil avhenge av hvilke andre virusvarianter som forekommer i befolkningen som testes.

Videre kan også andre betydningsfulle virusvarianter oppstå, og det vil da være behov for å etablere nye målrettede PCR metoder for å kunne detektere disse. Dette krever derfor hele tiden årvåkenhet for og oppdatert kunnskap om de ulike virusvariantene og deres genetiske endringer. Den eneste måten å oppdage nyoppståtte virusvarianter er ved sekvensering.

Helgenomsekvensering

Helgenomsekvensering er den mest avanserte formen for analyse av virusets genetiske materiale tilgjengelig i dag. Metoden er svært tidkrevende og involverer mange analytiske steg, i tillegg til avanserte bioinformatiske analyser (pipelines). Målet med helgenomsekvensering er å beskrive virusets arvemateriale i sin helhet.  Dette muliggjør korrekt identifisering av virus til rett genetisk undergruppe. Dette er spesielt viktig i overvåkningsøyemed. Helgenomsekvensering er den eneste metoden som med sikkerhet vil kunne oppdage nye virusvarianter og for å kunne tilegne nye virusvarianter korrekt nomenklatur (inndeling i genetiske undergrupper). Helgenomsekvensering er best egnet metode til å drive løpende overvåkning for utfyllende informasjon om virus som sirkulerer i befolkningen. Overvåkning av virusets genetiske endringer danner derfor et viktig kunnskapsgrunnlag for til enhver tid ha optimalisert diagnostikk for påvisning av virus.

Helgenomsekvensering krever tilstrekkelig mengde SARS-CoV 2 RNA til stede i prøven, svakt positive prøver egner seg derfor ikke for slik analysering.

Sanger sekvensering

Sanger sekvensering er den konvensjonelle sekvenseringsmetoden som ble utviklet av Sanger og Coulson på midten av 70-tallet. Metoden gir mulighet for å lese den genetiske koden for et ønsket område av virusets RNA. Sanger sekvensering av SARS-CoV 2 kan designes for å fange opp et område av spike-proteinet og ikke hele virusgenomet. Dette området inneholder likevel det meste av informasjon for å kunne diskriminere mellom de mest aktuelle virusvariantene som vi kjenner i dag, ettersom de fleste mutasjoner av interesse befinner seg i den samme lille region av genomet. Metoden kan også meget lett tilpasses dersom det oppstår behov for å overvåke en annen del av virusgenomet. Metoden er raskere, men gir også mindre utfyllende informasjon enn helgenomsekvensering.

 

For utdypende informasjon om indikasjon for målrettet overvåking og innsending av prøver se:

Historikk

24.02.2021: Lagt inn informasjon om viktige endringer i enkelte virusvarianter med oversikt over de mest vesentlige forskjellene mellom aktuelle varianter.

03.02.2021: Siden ble opprettet

Innhold på denne siden