Hopp til innhold

Få varsel ved oppdateringer av «Molekylær diagnostikk»

Hvor ofte ønsker du å motta varsler fra fhi.no? (Gjelder alle dine varsler)

E-postadressen du registrerer her vil kun bli brukt til å sende ut nyhetsvarsler du har bedt om. Du kan når som helst avslutte dine varsler og slette din e-post adresse ved å følge lenken i varslene du mottar.
Les mer om personvern på fhi.no

Du har meldt deg på nyhetsvarsel for:

  • Molekylær diagnostikk

Molekylær diagnostikk av SARS-Cov-2

Publisert Oppdatert

Beskrivelse av laboratoriemetoden som benyttes for å påvise arvestoff fra koronavirus - RT-PCR.

Beskrivelse av laboratoriemetoden som benyttes for å påvise arvestoff fra koronavirus - RT-PCR.


Innhold på denne siden

For diagnostikk av aktuell covid-19 sykdom brukes  laboratoriemetoder der man leter etter selve viruset i prøve fra luftveiene. Dette er meget følsomme tester som baserer seg på oppformering av virusets arvestoff med nukleinsyreamplifiseringstester (NAT). Den mest anvendte metoden for nukleinsyreamplifisering for påvisning av SARS-CoV-2 er real-time RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) og i veilederen fokuseres det derfor på denne metoden.

Nukleinsyreamplifikasjonstester og bruksområder

Nukleinsyreamplifikasjonstest er den anbefalte diagnostiske testen for personer med symptomer på covid-19 etter gjeldende testkriterier. De mest brukte nukleinsyreamplifikasjonstestene i Norge er først og fremst real-time RT-PCR, dernest TMA (transcription-mediated amplification) og LAMP (Loop-mediated isothermal amplification).

De RT-PCR-metodene som brukes ved mikrobiologiske laboratorier i Norge er godt validerte ved de respektive laboratoriene. PCR-basert teknologi har svært høy sensitivitet, og kan påvise tilstedeværelse av virusets genetiske materiale ned til bare noen få genomkopier i en prøve. PCR er en teknologi som benytter seg av sykliske endringer i temperatur, samt tilsetning av primer, prober, enzymer og nukleotider for å oppformere en ønsket gensekvens. Amplifiseringen av gensekvensen detekteres ofte ved hjelp av eksitering av fluorescensmolekyler som aktiveres ved syntese av den aktuelle sekvensen. Metoden skiller ikke mellom intakt virus og rester av virus og sier dermed ikke noe om virusets evne til å gi sykdom eller smitte andre. Betydningen av funnene må derfor alltid tolkes i en klinisk sammenheng.

Hos personer infisert med SARS-CoV-2 vil man vanligvis kunne påvise virusets arvestoff i prøve fra øvre luftveier (tatt fra nese/hals/spytt) i perioden fra ca 2 dager før til 20 dager etter symptomstart. Perioden personen er smittsom ser ut til å være 6-7 dager (i gjennomsnitt fra 2 dager før til 5 dager etter symptomstart). 5 dager etter smittetidspunktet vil ca 50% av de smittede ha utviklet symptomer.

PCR er en spesifikk metode, og eventuelle virusvarianter med endret målgen for PCR-metoden vil kunne være vanskeligere å påvise eller gi falskt negativt analyseresultat. For virusvarianter med endringer i andre deler av genomet, vil påvisningen ikke påvirkes. Den generelle PCR-metoden kan heller ikke påvise alle spesifikke mutasjoner i virusets arvemateriale. For informasjon om påvisning og overvåkning av virusvarianter se: Påvisning av virusvarianter.

Nukleinsyrebaserte hurtigtester  

PCR-baserte instrumenter med kort analysetid er i dag stasjonert på enkelte legevakter, akuttmottak eller i laboratoriemiljøer der det er behov for hurtig diagnostisk avklaring med tanke på SARS-CoV-2 og andre luftveisagens.  Det produseres egne CE-IVD merkede SARS-CoV-2-kits for bruk i disse maskinene, som påviser SARS-CoV-2 med stor nøyaktighet og høy spesifisitet.

Maskinene krever lite forkunnskap og er enkle å håndtere og kan ofte kobles opp mot eksisterende laboratoriedatasystemer. Instrumentenes analysekapasitet har begrensninger med hensyn til antall prøver som kan analyseres samtidig, men har til gjengjeld rask svartid og større kapasitet til å analysere prøver mer eller mindre fortløpende. De fleste CE-IVD merkede SARS-CoV-2-kitt analysert på slike PCR-baserte plattformer har vist seg å ha tilsvarende sensitivitet og spesifisitet som real-time PCR-teknikk (laboratoriebaserte analyser). Det er særdeles stor etterspørsel etter disse analyseinstrumentene og reagenser, noe som resulterer i ustabile leveranser og risiko for mangelsituasjoner.

Andre nukleinsyrebaserte hurtigtester baserer seg på isoterm oppformering av nukleinsyrer (for eksempel LAMP-teknologi) med spesifikke primere for SARS-CoV-2-viruset. Dette er også meget enkle maskiner i bruk som kan være godt utstyr for pasientnær analysering (PNA). Disse er gjerne et alternativ til antigenhurtigtester med tilsvarende kort analysetid.  

For informasjon om andre type hurtigtester:

Sensitivitet, spesifisitet og prediktiv verdi

Testens egenskaper (sensitivitet og spesifisitet) og prediktive verdi har betydning for testing ved ulik prevalens av covid-19 i befolkningen 

Sensitivitet og spesifisitet er to sentrale egenskaper ved en diagnostisk test og må vurderes ved bruk av testen.

  • Sensitiviteten er sannsynligheten for at en syk pasient får riktig svar, dvs. positiv test.
  • Spesifisiteten er sannsynligheten for at en frisk pasient får riktig svar, dvs. negativ test. 
Beregning av sensitivitet og spesifisitet. illustrasjon: FHI
Beregning av sensitivitet og spesifisitet. illustrasjon: FHI

Testens evne til å påvise virusets arvestoffer i en prøve kalles analytisk sensitivitet.

Klinisk sensitivitet er testens evne til å påvise viruset hos en reelt smittet person. Den kliniske sensitiviteten vil være avhengig av andre forhold enn kun testens egenskaper, blant annet når i sykdomsforløpet prøven er tatt, tilstedeværelse av virus i det aktuelle prøvematerialet, korrekt prøvetakingsteknikk, samt transport og lagring av prøven.

Vi regner med at den kliniske sensitiviteten ved de metodene som brukes ved de norske mikrobiologiske laboratoriene, er cirka 80 prosent i prøvemateriale fra øvre luftveier (nasofarynks, /halsprøver).

Spesifisiteten til testen (testens evne til å identifisere ikke-smittede individer som negative) er svært høy, opp mot 99,999 prosent.   

Som ved all diagnostikk, er det alltid en mulighet for at et testresultat er falsk positivt eller falskt negativt. Sannsynligheten for at en test gir falske positive eller falske negative resultater kalles testens positive prediktive verdi (PPV) og testens negative prediktive verdi (NPV) og påvirkes av prevalens (forekomsten av sykdommen i befolkningen som testes). Dette beregnes etter følgende formel: 

Beregning av positiv og negativ prediktiv verdi. Illustrasjon: FHI.
Beregning av positiv og negativ prediktiv verdi. Illustrasjon: FHI.

Med andre ord er PPV sannsynligheten for at en pasient som får positivt testresultat, faktisk er syk med covid-19. NPV er sannsynligheten for at en pasient med negativt testresultat ikke er smittet med covid-19.

PPV og NPV er viktige variabler når man skal definere testens bruksområde. Det vil være stor forskjell på testens sannsynlighet for å gi et sant svar hvis man bruker den til å stille en diagnose på en pasient som har symptomer, eller hvis man ønsker å gjennomføre testing av asymptomatiske personer (screeningundersøkelser).  

 

Historikk

29.03.2021: Artikkelen er oppdatert for bedre lesbarhet og presisering av begreper. Informasjon om nukleinsyrebaserte hurtigtester er flyttet til denne artikkelen.

03.02.2021: Lagt inn et avsnitt om og lenke til kapitlet: Påvisning av virusvarianter.

23.12.2020: Lagt til forklaring på benevnelsen "hurtigtester" i innledningen.

11.12.2020: Lagt til lenken EUnetHTA Joint Action 3 WP4 (PDF)

08.10.2020: Fjernet siste avsnitt om hurtigtester som påviser SARS-CoV-2 RNA og lagt inn lenker til Serologi og antistoff hurtigtester, og Hurtigtester for påvisning av koronavirus.

15.09.2020: Anslag for spesifisitet endret fra 99,9% til 99,999%. Viser til «hvordan tolke prøvesvar.

22.05.2020: artikkelen publisert første gang.