Hopp til innhold

Molekylær diagnostikk av Sars-Cov-2

Publisert

Beskrivelse av laboratoriemetoden som benyttes for å påvise arvestoff fra koronavirus - RT-PCR.

Beskrivelse av laboratoriemetoden som benyttes for å påvise arvestoff fra koronavirus - RT-PCR.


For diagnostikk av aktuell covid-19 sykdom brukes en laboratoriemetode der man leter etter selve viruset i prøve fra luftveiene. Dette er en meget følsom metode hvor man finner virusets arvestoff ved hjelp av en teknikk som heter RT-PCR (Real Time - Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction).

Det kan også gjøres påvisning og måling av antistoffrespons mot viruset, primært i blodprøver. Denne metoden er først og fremst aktuell for diagnostikk lenger ut i sykdomsforløpet og for andre formål.

RT-PCR og bruksområder 

RT-PCR er anbefalt diagnostisk test for personer med symptomer på covid-19 etter gjeldende testkriterier.

De molekylære testmetodene (RT-PCR) som brukes ved mikrobiologiske laboratorier i Norge er godt validerte ved de respektive laboratoriene. PCR-basert teknologi har svært høy sensitivitet, og påviser tilstedeværelse av virusets genetiske materiale ned til bare noen få genomkopier i en prøve. Metoden skiller ikke mellom intakt virus og rester av virus og sier dermed ikke noe om virusets evne til å gi sykdom eller smitte andre.

Betydningen av funnene må derfor alltid tolkes i en klinisk sammenheng. 

Hos personer infisert med sars-CoV-2 vil man vanligvis kunne påvise virusets arvestoff i prøve fra øvre luftveier (tatt fra nese/hals/spytt) i perioden fra ca 2 dager før til 20 dager etter symptomstart. Perioden personen er smittsom ser ut til å være 6-7 dager (i gjennomsnitt fra 2 dager før til 5 dager etter symptomstart). 5 dager etter smittetidspunktet vil ca 50% av de smittede ha utviklet symptomer.

Følgende forbehold må tas ved positivt resultat: 

  • Testen kan være positiv i flere uker etter gjennomgått infeksjon, og positiv test betyr da ikke nødvendigvis at personen fremdeles er smittsom. 
  • Ved testing av personer med lav sannsynlighet for å være infisert av sars-CoV-2 vil man risikere en høy andel falske positive svar. Dersom testen benyttes til screening av asymptomatiske personer i Norge (gitt prevalensen i dag), vil anslagsvis 4 av 5 positive svar være falsk positive. 

Følgende forbehold må tas ved negativt resultat:

  • En prøve tatt fra øvre luftveier av en covid-19-syk person kan være falsk negativ. 
  • Virusmengden stiger sannsynligvis raskt før symptomdebut, så en asymptomatisk person som tester negativt kan være smittsom kun timer senere.

Sensitivitet, spesifisitet og prediktiv verdi

Testens egenskaper (sensitivitet og spesifisitet) og prediktive verdi har betydning for testing ved ulik prevalens av covid-19 i befolkningen 

Sensitivitet og spesifisitet er to sentrale egenskaper ved en diagnostisk test og må vurderes ved bruk av testen.

  • Sensitiviteten er sannsynligheten for at en syk pasient får riktig svar, dvs. positiv test.
  • Spesifisiteten er sannsynligheten for at en frisk pasient får riktig svar, dvs. negativ test. 
Beregning av sensitivitet og spesifisitet. illustrasjon: FHI
Beregning av sensitivitet og spesifisitet. illustrasjon: FHI

Testens evne til å påvise virusets arvestoffer i en prøve kalles analytisk sensitivitet.

Klinisk sensitivitet er testens evne til å påvise viruset hos en reelt smittet person. Den kliniske sensitiviteten vil være avhengig av andre forhold enn kun testens egenskaper, blant annet når i sykdomsforløpet prøven er tatt, tilstedeværelse av virus i det aktuelle prøvematerialet, korrekt prøvetakingsteknikk, samt transport og lagring av prøven.

Vi regner med at den kliniske sensitiviteten ved de metodene som brukes ved de norske mikrobiologiske laboratoriene, er cirka 80 prosent i prøvemateriale fra øvre luftveier (nasofarynks, /halsprøver).

Spesifisiteten til testen (testens evne til å identifisere ikke-smittede individer som negative) er svært høy, opp mot 99,9 prosent.   

Som ved all diagnostikk, er det alltid en mulighet for at et testresultat er falsk positivt eller falskt negativt. Sannsynligheten for at en test gir falske positive eller falske negative resultater kalles testens positive prediktive verdi (PPV) og testens negative prediktive verdi (NPV) og påvirkes av prevalens (forekomsten av sykdommen i befolkningen som testes). Dette beregnes etter følgende formel: 

Beregning av positiv og negativ prediktiv verdi. Illustrasjon: FHI.
Beregning av positiv og negativ prediktiv verdi. Illustrasjon: FHI.

Med andre ord er PPV sannsynligheten for at en pasient som får positivt testresultat, faktisk er syk med covid-19. NPV er sannsynligheten for at en pasient med negativt testresultat ikke er smittet med covid-19.

PPV og NPV er viktige variabler når man skal definere testens bruksområde. Det vil være stor forskjell på testens sannsynlighet for å gi et sant svar hvis man bruker den til å stille en diagnose på en pasient som har symptomer, eller hvis man ønsker å gjennomføre testing av asymptomatiske personer (screeningundersøkelser).  

Eksempler

Ved en prevalens av covid-19 i befolkningen på 0,03 prosent, slik vi hadde i Norge i midten av april 2020, må man teste rundt 4200 tilfeldige personer for å fange opp en smittsom person. Siden minst halvparten av de som er smittet av covid-19 vil ha symptomer, ville disse uansett ha blitt fanget opp ved symptombasert teststrategi. I denne populasjonen må man derfor teste cirka 8400 asymptomatiske personer for å fange opp en ekstra smittsom person.  

I tillegg vil positiv prediktiv verdi i denne situasjonen være rundt 19 prosent (ved en test med spesifisitet på 99,9 prosent). Det vil si at 4 av 5 av de som tester positivt, ikke vil være smittet med sars-CoV-2. Av de med sanne positive prøver vil omtrent 2/3 ha gjennomgått den smittsomme fasen av sykdommen og dermed ikke lenger utgjøre noen smitterisiko. 

Massetesting av befolkningen vil gi høyere andel sanne positive prøver i situasjoner med høy prevalens. 

Hurtigtester som påviser sars-Cov-2 RNA

Dette er tester der virusets arvemateriale påvises ved hjelp av molekylære teknikker i en prøve fra luftveiene. Testene kan brukes til å påvise viruset i den akutte fasen av infeksjonen, de er brukervennlige og ofte er resultatet klart på under en time.

Man kan som regel kun analysere en eller noen få prøver av gangen, prisen for hver analyse kan være høy, og disse hurtigtestene krever et eget analyseinstrument.

Det finnes flere kommersielle tester på markedet, og enkelte sykehus har nå etablert slik hurtigtesting.  Kvaliteten på disse testene varierer, og det vil være nødvendig å utføre en validering (kvalitetssikring) av testene (i samarbeid med mikrobiologiske laboratorier) før de benyttes i diagnostikk av pasienter. 

 

 

 

Om artikkelen / endringshistorikk

Innhold på denne siden