Hopp til innhold

Informasjon til mikrobiologiske laboratorier

Publisert Oppdatert

Her finnes informasjon om FHIs analysetilbud for SARS-CoV-2 og innsending av prøver og rapportering til referanselaboratoriet.

Her finnes informasjon om FHIs analysetilbud for SARS-CoV-2 og innsending av prøver og rapportering til referanselaboratoriet.


Primærdiagnostikk for SARS-CoV-2 utføres ved de fleste av landets lokale og regionale laboratorier, se liste 

Sett i lys i den seneste utviklingen av utbruddet i Norge, anbefaler Folkehelseinstituttet at test for SARS-CoV-2 så langt det lar seg gjøre inkluderes når det gjøres generell luftveisdiagnostikk.

Analyse ved Folkehelseinstituttet

Folkehelseinstituttet er nasjonalt referanselaboratorium for koronavirus med alvorlig utbruddspotensiale. Laboratoriet har tilgjengelig analyse for påvisning av Sarbeco betakoronavirus (E-gen analyse) og bekreftende analyser spesifikt for SARS-CoV-2 (RdRp-gen analyse). Enkelte prøver kan også bli valgt ut for sekvensering og helgenomanalyse. Det kan også være aktuelt å dyrke virusene for videre analyse. FHI vil ved behov verifisere analyseresultater ved internasjonalt referanselaboratorium.

Laboratorier i Norge som etablerer testing for SARS-CoV-2 bes om å informere referanselaboratoriet ved FHI om dette på e-postadressen: NIC-Norway@fhi.no.

Laboratorier som ikke selv har verifisert sin metode, bør sende prøver fra mistenkte tilfeller som oppfyller kriteriene for testing til et annet laboratorium med verifisert metode, eventuelt etter avtale til referanselaboratoriet ved FHI.

Ved tungtveiende behov for avklaring av inkonklusive resultater kan prøver sendes til referanseundersøkelse ved FHI etter nærmere avtale. Vennligst påfør primærlaboratoriets resultater, inkludert CT-verdi. Ny prøve bør også undersøkes.

Forsendelse

Forsendelse av prøver til FHI (utenom overvåkingsprøver som beskrevet nedenfor) avtales med vakthavende mikrobiolog:

  • Hverdager kl. 9–15: Ring Folkehelseinstituttets sentralbord (telefon 21 07 70 00) og be om å bli satt over til vakthavende virolog (kun for helsepersonell).
  • Kveld og helg: Ring mikrobiologisk beredskapsvakt for laboratoriene direkte på telefon 95 21 49 93 (kun for helsepersonell).

For hurtig analyse ved FHI ønskes det at eluat sendes sammen med prøven, hvis mulig.

Analysene ved referanselaboratoriet på FHI kan utføres på hverdager og etter avtale. Analysene kan evt. utføres utenfor vanlig arbeidstid på spesielle indikasjoner.

Besvarelse av analyser

Ved bekreftet påvist SARS-CoV-2 ved FHI vil resultatet varsles telefonisk til rekvirent og kommunelegen. Resultat for rutinemessige ukentlige overvåkningsprøver (se over) som samsvarer med primærlaboratoriets resultat vil imidlertid kun besvares skriftlig og meldes elektronisk til MSIS.

Innsending av prøver til overvåkning

For overvåkningsformål bes laboratoriene som tester for SARS-CoV-2 om å sende sine fem første positive prøver ukentlig til referanselaboratoriet. Vennligst merk rekvisisjonen tydelig med “OVERVÅKNINGSPRØVE”. Ut over de fem per uke bes det om innsending av prøver fra spesielle tilfeller, for eksempel særlig alvorlig sykdom eller uvanlige epidemiologiske forhold.

Prøver fra fyrtårnsystemet for influensa vil nå bli undersøkt for SARS-CoV-2 ved referanselaboratoriet dersom de ellers er negative for influensa. Dette gjøres for å kunne fange opp eventuell spredning i samfunnet, og å følge utbredelsen deretter.

Summarisk rapportering til referanselaboratoriet

Folkehelseinstituttet er referanselaboratoriet for koronavirus med alvorlig utbruddspotensiale. Som laboratorium med nasjonal referansefunksjon i medisinsk mikrobiologi skal vi sikre høy kvalitet på mikrobiologiske tjenester for ivaretakelse av pasienter og folkehelsen, samt bistå i overvåking, beredskap og respons ved utbrudd av smittsomme sykdommer.

Antall pasienter analysert med analyseresultat for SARS-CoV-2 skal rapporteres til referanselaboratoriet ved FHI daglig helst med uttrekk med prøver testet og prøvesvar, eventuelt aggregerte tall på antall analysert og resultat Hver tirsdag innen kl 12 skal fullstendig uttrekk over prøver testet med prøvesvar rapporteres, oppdaterte tall fra analysen ble tatt i bruk og fram til dato. Dette er gjeldende inn til et system for videresending av elektroniske kopisvar fra laboratorienes systemer går direkte til registrering hos FHI. Rapportene sendes til NIC-Norway@fhi.no og merkes «Koronavirus diagnostikk- [navn på rapporterende laboratorium]

Referanselaboratoriet har ansvar for å presentere nasjonale tall over prøver analysert for SARS-CoV-2. For tiden gjøres dette daglig i dagsrapporter.

Varsling ved mistenkt eller bekreftet tilfelle

Biosikkerhet ved arbeid med SARS-CoV-2

Regelverk

Arbeidstilsynet vurderer det nye koronaviruset SARS-CoV-2 som smitterisikogruppe 33 (Smitter normalt ikke gjennom luften):

Vi har i dag begrenset kunnskap over hvilke kroppsvæsker som kan spre SARS-CoV-2. Viruset har blitt dyrket fra prøvemateriale fra øvre- og nedre luftveier, samt fra faeces. Det er ikke kjent om levende virus kan være tilstede i andre kroppsvæsker.

Smittespredning kan skje ved dråpe- og aerosolspredning. Arbeid som bidrar til å danne aerosoler, slik som blanding av prøver, risting, sentrifugering og sonikering utgjør en særlig risiko for laboratoriepersonell.

Klassifisering i risikogruppe er ikke ekvivalent med krav til inneslutningsnivå på laboratoriet. Det er type arbeid med SARS-CoV-2 som vil avgjøre behov for bruk av inneslutningsnivå 3 (BSL3).

FHI har gjort en overordnet risikovurdering for arbeid med SARS-CoV-2 på laboratoriet basert på anbefalinger fra WHO og ECDC. Ved landets medisinske mikrobiologiske laboratorier er det etablert gode rutiner for arbeid med ulike pasientmaterialer basert på fortløpende risiko og sårbarhets (ROS) analyser for å trygt kunne håndtere potensielt smitteførende pasientprøver.  

FHI vurderer at det for SARS-CoV-2 er særlig arbeid som bidrar til å danne aerosoler, slik som blanding av prøver, risting og sentrifugering, som utgjør en risiko for laboratoriepersonell.

Arbeid som bør foregå i inneslutningsnivå 3:

Arbeid som innebærer oppkonsentrering eller oppformering av virus bør utføres ved inneslutningsnivå 3 (BSL3) i sikkerhetsbenk klasse II, med beskyttelsesutstyr i henhold til risikovurdering og inneslutningsnivå. Eksempler på arbeid:

  • Dyrking av virus i cellekultur og all håndtering av oppdyrket materiale
  • Nøytralisasjonstester

Arbeid som kan utføres utenfor inneslutningsnivå 3

Pasientmateriale

All håndtering av pasientmateriale med mistanke om SARS-CoV-2 bør utføres ved inneslutningsnivå 2 (BSL2) i godkjent sikkerhetsbenk klasse II eller med egnet beskyttelsesutstyr i henhold til risikovurdering.

Generelt bør alle prosedyrer utføres slik at man minimerer risiko for generering av aerosoler og dråper. Eksempler på arbeid:

  • Fortynning / fordeling av prøver
  • Forberedende åpent arbeid med prøver for molekylærdiagnostikk før inaktivering
  • Inokulering av dyrkingsmedier

Molekylærbiologiske analyser og arbeid med bearbeidede prøver

Molekylærbiologiske analyser slik som ekstraksjon av RNA, PCR analyser og sekvensering, samt annet arbeid med inaktiverte og bearbeidede prøver kan utføres i henhold til standard prosedyrer på det lokale laboratoriet med de rutiner og instrumenter som normalt benyttes. Eksempler på arbeid:

  • Bruk av automatiske ekstraksjons- og analyseapparater
  • Molekylære analyser av ekstrahert nukleinsyremateriale (PCR, sekvensering etc)
  • Avlesning av bakterielle dyrkingsmedier og sekundærutsæd
  • Farging og avlesning av fikserte utstryk for mikroskopi

Klinisk kjemiske prøver og serologi

Blod, plasma, serum og urin for rutineanalyser kan håndteres ifølge vanlige rutiner for prøvemateriale der smitterisiko ikke kan utelukkes.  Samme tiltak og beskyttelsesutstyr som brukes ved mistanke om andre smittsomme sykdommer kan benyttes.

Folkehelseinstituttets vurderinger gjengitt her er til orientering. Alle laboratorier som utfører arbeid med SARS-CoV- 2 skal selv foreta en lokal risikovurdering for sine arbeidsrutiner for å sikre at arbeid foregår på en sikker måte, og utarbeide lokale retningslinjer og prosedyrer for arbeid.

Templat for risikovurdering

Templat for risikovurdering for arbeid med SARS-CoV-2 er foreslått av WHO: 

Dekontaminering

Dekontaminering av overflater og utstyr skal utføres med egnet middel for kappekledde virus og med korrekt virketid.  Etanol, hydrogenperoksid, klor, fenolbaserte løsninger og kvartære ammoniumsforbindelser er eksempler på effektive desinfeksjonsmidler.

Transport

Pasientprøver kan transporteres som UN3373 Biologisk stoff kategori B, mens viruskultur eller isolater må transporteres som UN2814 Infeksjonsfremmende stoff, rammer mennesker, kategori A.

Om artikkelen / endringshistorikk

Innhold på denne siden