Hopp til innhold
Lukk

Få varsel ved oppdateringer av «Informasjon til mikrobiologiske laboratorier»

Hvor ofte ønsker du å motta varsler fra fhi.no? (Gjelder alle dine varsler)
Ønsker du også varsler om:

E-postadressen du registrerer her vil kun bli brukt til å sende ut nyhetsvarsler du har bedt om. Du kan når som helst avslutte dine varsler og slette din e-post adresse ved å følge lenken i varslene du mottar.
Les mer om personvern på fhi.no

Du har meldt deg på nyhetsvarsel for:

  • Informasjon til mikrobiologiske laboratorier

Oops, noe gikk galt...

... ta kontakt med nettredaksjon@fhi.no.

... last inn siden på nytt og prøv igjen.

Informasjon til mikrobiologiske laboratorier

Publisert Oppdatert

Her finnes informasjon om FHIs analysetilbud for SARS-CoV-2 og innsending av prøver og rapportering til referanselaboratoriet.

Her finnes informasjon om FHIs analysetilbud for SARS-CoV-2 og innsending av prøver og rapportering til referanselaboratoriet.


Sett i lys i den seneste utviklingen av utbruddet i Norge, anbefaler Folkehelseinstituttet at test for SARS-CoV-2 så langt det lar seg gjøre inkluderes når det gjøres generell luftveisdiagnostikk.

Se også: Laboratorier som tester for SARS-CoV-2

Analyse ved Folkehelseinstituttet

Folkehelseinstituttet er nasjonalt referanselaboratorium for koronavirus med alvorlig utbruddspotensiale. 

Innsending av utvalgte SARS-CoV-2-isolater for viruskarakterisering ved FHI for overvåkningsformål  

Det er svært viktig at SARS-CoV-2 positive prøver sendes inn fra mikrobiologiske laboratorier til referanselaboratoriet ved FHI for videre analyse. Alle prøver som sendes inn til referanselaboratoriet ved FHI vil bli forsøkt helgenomsekvensert med Illumina eller nanoporeteknologi. Det kan også være aktuelt å dyrke virusene for videre analyse. I slike situasjoner er det viktig med innsendelse av primærmateriale i et medium som er forenlig med cellekultur, slik som VTM/UTM. FHI vil ved behov verifisere analyseresultater ved internasjonalt referanselaboratorium  

Nedenfor gis informasjon om hvilke prøver som er mest aktuelle for innsending med hensyn til både generell og målrettet overvåkning samt pasientinformasjon som bør følge prøvene for korrekt prioritering.  

Viruskarakterisering av isolater for overvåkning 

Sekvensering (for eksempel med helgenomsekvensering) av SARS-CoV-2 kan avdekke mutasjoner i virusets arvemateriale som kan medføre strukturelle og funksjonelle endringer av virusets egenskaper. Endringer i for eksempel spike-proteinet som binder viruset til vertscellens overflatereseptor, kan medføre økt opptak og høyere smittsomhet. Det er derfor spesielt viktig å kartlegge nye virusvarianter som importeres til Norge fra områder med høy forekomst av de mest smittsomme variantene slik at nødvendige forholdsregler kan tas.  

Det er behov både for generell (tilfeldig) og målrettet overvåkning av SARS-CoV-2 i Norge. Målet med overvåkningen er å overvåke koronavirus i Norge, undersøke forekomst og spredning av de mest smittsomme variantene, samt oppdage varianter ved re-infeksjoner, vaksinesvikt og atypisk/alvorlig sykdomsforløp. På denne måten kan smitteveier identifiseres og mer målrettede smitteverntiltak igangsettes, vaksineescape-varianter avdekkes og mer kunnskap om virusets egenskaper til sykdom erverves.  

Generell overvåkning: 

For overvåkningsformål bes laboratoriene som tester for SARS-CoV-2 om å sende rutinemessig minst 10 tilfeldige utvalg av representative positive prøver (helst fra forskjellige dekningsområder) ukentlig til referanselaboratoriet. Vennligst merk rekvisisjonene tydelig med “OVERVÅKNINGSPRØVE” og påfør prøvens ct-verdi. Prøvene som velges ut bør inneholde tilstrekkelig mengde SARS-CoV 2 virus til at helgenomsekvensering og eventuell virusdyrkning er mulig, og ct-verdi bør derfor helst ligge under 30.

Ut over de minst 10 prøvene per uke bes det om innsending av prøver fra spesielle tilfeller, for eksempel særlig alvorlig sykdom eller uvanlige epidemiologiske forhold, se nedenfor under “Målrettet overvåkning”.

Målrettet overvåkning:

  1. Importerte tilfeller fra ulike deler av verden, i tillegg til områder hvor forekomst av smittsomme varianter er høy.
  2. Mistanke om rask og ukontrollerbar smittespredning til tross for gode smitteverntiltak, spesielt i institusjoner (sykehjem, sykehusavdelinger).
    Det anbefales at det sendes inn prøver fra 5-10 smittede i et utbrudd. Jo større utbruddet er, jo viktigere er det å sende inn prøver fra flere smittede og som er smittet på ulike smittetidspunkt.
    Prøvene bør velges ut strategisk slik at de representerer utbruddet på en hensiktsmessig måte, gjerne fra indekskasus og personer som er smittet til ulik tid og feks på ulike avdelinger (ved utbrudd på en institusjon). Det blir da lettere å danne seg et bedre bilde av utbruddets omfang og om det dreier seg om en eller flere virusvarianter, og om det sirkulerer særlig smittsomme varianter.
  3. Reinfeksjon
  4. Mistanke om vaksinesvikt
  5. Atypisk eller alvorlig sykdomsforløp

Rekvisisjon bør inneholde følgende pasientrelatert informasjon ved innsendelse av prøve 

  • Virusmengde i prøven. Ct-verdi lavere enn 30 gir best resultater ved helgenomsekvensering. Ct-verdi bør følge med slik at templatmengde til sekvensering kan innstilles, dersom ikke verdien inkluderes på remissen vil det kunne medføre forsinkelser i analysering.   
  • Aktuell reiseanamnese  
  • Ved utbruddsoppklaring, bør det angis på rekvisisjonen hvilket utbrudd prøven tilhører.  
  • Innlagt/poliklinisk/annen institusjon  
  • Dersom pasienten er vaksinert mot covid-19, tidspunkt for 1. og 2. dose, navn på vaksine dersom tilgjengelig. 
  • Smittetidspunkt 
  • Tidspunkt for symptomdebut / asymptomatisk 
  • Ved alvorlig eller atypisk sykdomsforløp skal dette beskrives nærmere   

Forsendelse 

Kommuneoverlege/behandlende lege tar kontakt med lokalt laboratorium og gir dem beskjed om å sende utvalgte prøver til FHI med kliniske opplysninger og indikasjon for sekvensering

For mikrobiologiske laboratorier:

Hasteprøver sendes direkte med budbil til prøvemottaket på FHI mellom 9-14 på hverdager. Biologisk materiale og prøver som skal til Folkehelseinstituttet på Lindern kan sendes: 

  • Med post: Folkehelseinstituttet, Felles prøvemottak, Postboks 4404 Nydalen, 0403 OSLO 
  • Med budbil: Folkehelseinstituttet, Felles prøvemottak, Lovisenberggata 6, 0456 OSLO 

Kontaktinformasjon ved spørsmål om indikasjon for sekvensering  

  • Importtilfeller og utbrudd nevnt under pkt. 1 og 2, kan smittevernvakta (kun for helsepersonell) kontaktes på telefon: 21 07 70 00 (sentralbord) eller 21 07 63 48 (utenom kontortid alle hverdager) 
  • Reinfeksjon, vaksinesvikt, atypisk eller alvorlig sykdomsforløp nevnt under pkt. 3, 4 og 5, samt andre spørsmål relatert til prøvetakning -og forsendelse kan vakthavende virolog (kun for helsepersonell) kontaktes via sentralbordet på telefon: 21 07 70 00 (kontortid alle hverdager fra 9-15). 

Utførelse og besvarelse av SARS-CoV-2 PCR og sekvensering ved FHI 

Analysene ved referanselaboratoriet på FHI utføres på hverdager, men på helt spesielle indikasjoner også utenfor vanlig arbeidstid etter avtale. For hurtig analyse ved FHI ønskes det at eluat sendes sammen med primærprøve, hvis mulig.  

Helgenomsekvensering er en tidkrevende analyse og det kan ta minst 10 dager til to uker etter at prøven er kommet til svar foreligger.  Prøver ut fra pasientinformasjon og dersom dette vil ha konsekvenser for videre smittevernshåndtering. Det er også etablert hurtigere metoder som spesifikt gir svar på om de mest aktuelle virusvarianter er til stede i prøven.  

Analysene som gjøres er for nasjonal overvåking av koronavirus. Ikke alle prøver som vi mottar vil inngå i analysene og det vil ikke være kapasitet til å gi svar tilbake på enkeltprøver med mindre resultatet fra analysene kan føre til tiltak. Samlet oversikt med resultater fra overvåkingen rapporteres ukentlig i korona ukerapportene.

Ved målrettet overvåkning av spesielt utvalgte prøver, vil viktige og avgjørende resultatet fra helgenomsekvensering varsles telefonisk til kommuneoverlege. Vi har ikke kapasitet til å ta imot telefoner angående etterlysning av prøvesvar. Prøver som undersøkes på spesiell indikasjon eller får et resultat som er viktig å få kommunisert ut, blir meddelt telefonisk. 

Etablering av testing for SARS-CoV-2 

Laboratorier i Norge som etablerer testing for SARS-CoV-2 bes om å informere referanselaboratoriet ved FHI om dette på e-postadressen: 

Ved tungtveiende behov for avklaring av inkonklusive resultater kan prøver sendes til referanseundersøkelse ved FHI etter nærmere avtale. Vennligst påfør primærlaboratoriets resultater, inkludert CT-verdi. Ny prøve bør også undersøkes. 

Summarisk rapportering til referanselaboratoriet

Folkehelseinstituttet er referanselaboratoriet for koronavirus med alvorlig utbruddspotensiale. Som laboratorium med nasjonal referansefunksjon i medisinsk mikrobiologi skal vi sikre høy kvalitet på mikrobiologiske tjenester for ivaretakelse av pasienter og folkehelsen, samt bistå i overvåking, beredskap og respons ved utbrudd av smittsomme sykdommer.

Antall pasienter analysert med analyseresultat for SARS-CoV-2 skal rapporteres til referanselaboratoriet ved FHI daglig helst med uttrekk med prøver testet og prøvesvar, eventuelt aggregerte tall på antall analysert og resultat Hver tirsdag innen kl 12 skal fullstendig uttrekk over prøver testet med prøvesvar rapporteres, oppdaterte tall fra analysen ble tatt i bruk og fram til dato. Dette er gjeldende inn til et system for videresending av elektroniske kopisvar fra laboratorienes systemer går direkte til registrering hos FHI. Rapportene sendes til NIC-Norway@fhi.no og merkes «Koronavirus diagnostikk- [navn på rapporterende laboratorium]

Referanselaboratoriet har ansvar for å presentere nasjonale tall over prøver analysert for SARS-CoV-2. For tiden gjøres dette daglig i dagsrapporter.

Varsling ved mistenkt eller bekreftet tilfelle

Biosikkerhet ved arbeid med SARS-CoV-2

Regelverk

Arbeidstilsynet vurderer det nye koronaviruset SARS-CoV-2 som smitterisikogruppe 33 (Smitter normalt ikke gjennom luften):

Vi har i dag begrenset kunnskap over hvilke kroppsvæsker som kan spre SARS-CoV-2. Viruset har blitt dyrket fra prøvemateriale fra øvre- og nedre luftveier, samt fra faeces. Det er ikke kjent om levende virus kan være tilstede i andre kroppsvæsker.

Smittespredning kan skje ved dråpe- og aerosolspredning. Arbeid som bidrar til å danne aerosoler, slik som blanding av prøver, risting, sentrifugering og sonikering utgjør en særlig risiko for laboratoriepersonell.

Klassifisering i risikogruppe er ikke ekvivalent med krav til inneslutningsnivå på laboratoriet. Det er type arbeid med SARS-CoV-2 som vil avgjøre behov for bruk av inneslutningsnivå 3 (BSL3).

FHI har gjort en overordnet risikovurdering for arbeid med SARS-CoV-2 på laboratoriet basert på anbefalinger fra WHO og ECDC. Ved landets medisinske mikrobiologiske laboratorier er det etablert gode rutiner for arbeid med ulike pasientmaterialer basert på fortløpende risiko og sårbarhets (ROS) analyser for å trygt kunne håndtere potensielt smitteførende pasientprøver.  

FHI vurderer at det for SARS-CoV-2 er særlig arbeid som bidrar til å danne aerosoler, slik som blanding av prøver, risting og sentrifugering, som utgjør en risiko for laboratoriepersonell.

Arbeid som bør foregå i inneslutningsnivå 3:

Arbeid som innebærer oppkonsentrering eller oppformering av virus bør utføres ved inneslutningsnivå 3 (BSL3) i sikkerhetsbenk klasse II, med beskyttelsesutstyr i henhold til risikovurdering og inneslutningsnivå. Eksempler på arbeid:

  • Dyrking av virus i cellekultur og all håndtering av oppdyrket materiale
  • Nøytralisasjonstester

Arbeid som kan utføres utenfor inneslutningsnivå 3

Pasientmateriale

All håndtering av pasientmateriale med mistanke om SARS-CoV-2 bør utføres ved inneslutningsnivå 2 (BSL2) i godkjent sikkerhetsbenk klasse II eller med egnet beskyttelsesutstyr i henhold til risikovurdering.

Generelt bør alle prosedyrer utføres slik at man minimerer risiko for generering av aerosoler og dråper. Eksempler på arbeid:

  • Fortynning / fordeling av prøver
  • Forberedende åpent arbeid med prøver for molekylærdiagnostikk før inaktivering
  • Inokulering av dyrkingsmedier

Molekylærbiologiske analyser og arbeid med bearbeidede prøver

Molekylærbiologiske analyser slik som ekstraksjon av RNA, PCR analyser og sekvensering, samt annet arbeid med inaktiverte og bearbeidede prøver kan utføres i henhold til standard prosedyrer på det lokale laboratoriet med de rutiner og instrumenter som normalt benyttes. Eksempler på arbeid:

  • Bruk av automatiske ekstraksjons- og analyseapparater
  • Molekylære analyser av ekstrahert nukleinsyremateriale (PCR, sekvensering etc)
  • Avlesning av bakterielle dyrkingsmedier og sekundærutsæd
  • Farging og avlesning av fikserte utstryk for mikroskopi

Klinisk kjemiske prøver og serologi

Blod, plasma, serum og urin for rutineanalyser kan håndteres ifølge vanlige rutiner for prøvemateriale der smitterisiko ikke kan utelukkes.  Samme tiltak og beskyttelsesutstyr som brukes ved mistanke om andre smittsomme sykdommer kan benyttes.

Folkehelseinstituttets vurderinger gjengitt her er til orientering. Alle laboratorier som utfører arbeid med SARS-CoV- 2 skal selv foreta en lokal risikovurdering for sine arbeidsrutiner for å sikre at arbeid foregår på en sikker måte, og utarbeide lokale retningslinjer og prosedyrer for arbeid.

Templat for risikovurdering

Templat for risikovurdering for arbeid med SARS-CoV-2 er foreslått av WHO: 

Dekontaminering

Dekontaminering av overflater og utstyr skal utføres med egnet middel for kappekledde virus og med korrekt virketid.  Etanol, hydrogenperoksid, klor, fenolbaserte løsninger og kvartære ammoniumsforbindelser er eksempler på effektive desinfeksjonsmidler.

Transport

Pasientprøver kan transporteres som UN3373 Biologisk stoff kategori B, mens viruskultur eller isolater må transporteres som UN2814 Infeksjonsfremmende stoff, rammer mennesker, kategori A.

Historikk

26.01.21: Oppdatert avsnittet Kontaktinformasjon ved spørsmål om indikasjon for sekvensering . 

25.01.21: Presisering av rutine for hasteprøver og besvarelse av SARS-CoV-2 PCR og sekvensering ved FHI

22.01.21: Endret tekst under kapittel om Analyse ved Folkehelseinstituttet med nytt underkapittel: Innsending av utvalgte SARS-CoV-2-isolater for viruskarakterisering ved FHI for overvåkningsformål med følgende avsnitt: Generell overvåkning, Målrettet overvåkning og  Rekvisisjon bør inneholde følgende pasientrelatert informasjon ved innsendelse av prøve. I tillegg er det endret tekst under kapittel om Forsendelse med ett nytt kapittel om Kontaktinformasjon ved spørsmål om indikasjon for sekvensering. Utførelse og besvarelse av SARS-CoV-2 PCR og sekvensering ved FHI  erstatter tidligere kapittel om Besvarelse.Innsending av prøver til overvåkning utgår og er erstattet av tekst under det nye kapittelet om Innsending av utvalgte SARS-CoV-2-isolater for viruskarakterisering ved FHI for overvåkningsformål.Uendret deltekst fra avsnittet under Analyser ved Folkehelseinstituttet er flyttet ned under eget kapittel helt til slutt: Etablering av testing for SARS-CoV-2.

31.03.20: Oppdatert informasjon om arbeid på ulike risikonivå.

24.03.20: Informasjon om rapportering til referanselaboratoriet er oppdatert. Lagt inn nytt avsnitt "Biosikkerhet ved arbeid med SARS-CoV-2". Fjernet avsnitt "Laboratoriesikkerhet"

11.03.20: Endret siste avsnitt under "Analyse ved Folkehelseinstituttet": Lagt til begrepet "tungtveiende" foran avklaring og lagt til setning om påføring av primærlaboratoriets resultater.

10.03.20: Lagt til denne setningen i innledningsavsnittet: "Sett i lys i den seneste utviklingen av utbruddet i Norge, anbefaler Folkehelseinstituttet at test for SARS-CoV-2 inkluderes i generell luftveisdiagnostikk".

Innhold på denne siden