Hopp til innhold

Valgte elementer er lagt i handlekurven

Gå til handlekurv
Historisk arkiv: Dette innholdet er arkivert og blir ikke oppdatert.

Artikkel

Bakterier som skal sendes inn og undersøkelser som utføres ved Avd. for næringsmiddelbårne infeksjoner

Publisert Oppdatert


Her følger lister over bakteriearter som skal sendes inn, og de undersøkelser som utføres med disse ved Avdeling for næringsmiddelbårne infeksjoner. Det er to lister: Én for bakterier isolert fra mennesker og én for bakterier isolert fra andre kilder.


  • Relaterte saker


Har du funnet en feil?

Alle bakteriekulturer skal sendes til Nasjonalt referanselaboratorium for enteropatogene bakterier. Hvilke rutiner som skal følges ved innsending av bakteriekulturer til avdelingen, og avdelingens rutiner for besvarelse til rekvirentene, er beskrevet på nettsiden om rutiner (under). Der finnes også rekvisisjonsskjemaene som skal benyttes, adresse for innsending og kontaktinformasjon.

Innsending av bakteriekulturer som er isolert fra mennesker

Salmonella

Innsending: Samtlige førstegangsisolater skal sendes inn. Det er ikke nødvendig å sende isolater fra oppfølgingsprøver. Som førstegangsisolat regnes også isolater som påvises ved evt. sykdomsresidiv mer enn ca. 3 mnd. etter siste positive prøve, eller hvis det for øvrig skulle foreligge grunn til å mistenke reinfeksjon.

Isoleres Salmonella fra ulike materialer (f. eks. faeces, blod eller urin), skal førstegangsisolatet fra hvert materiale sendes inn.

Undersøkelser: Isolatene blir identifisert til serovar-nivå, ved behov også undersøkt med henblikk på epidemiologiske markører, inkludert biotyping og DNA-baserte metoder (vesentlig MLVA, unntaksvis PFGE). Alle isolater blir undersøkt for antibiotikaresistens i henhold til avtale med NORM. Alle isolater av S. Typhimurium blir undersøkt fortløpende med MLVA, og resultatene blir ført inn i et eget register.

Referanselaboratoriet er akkreditert for identifikasjon av Salmonella.

Campylobacter

Innsending: Av overvåkingshensyn er det er ikke nødvendig å sende inn alle isolater av Campylobacter spp. rutinemessig. Slike isolater undersøkes bare hvis det foreligger tvil om diagnosen, eller dersom det foreligger mistanke om eller påvist sykdomsutbrudd. I tillegg mottas et representativt utvalg isolater av Campylobacter spp. fra fem laboratorier for antibiotikaresistensbestemmelse i henhold til avtale med NORM.

Undersøkelser: Isolatene blir rutinemessig identifisert til speciesnivå med en multiplex PCR-metode. DNA-baserte epidemiologiske markøranalyser utføres etter behov, for eksempel ved mistanke om eller påvist utbrudd.

Tarmpatogene E. coli

Innsending: Samtlige førstegangsisolater av sikre eller antatt tarmpatogene E. coli skal sendes inn. (Definisjon av førstegangsisolat: se Salmonella). Legg merke til at det ved mistanke om EHEC-infeksjon ofte bør sendes ikke en konvensjonell renkultur, men et "strøk" av mange E. coli-kolonier (se nedenfor). For andre tarmpatogene grupper av E. coli bør det vanligvis sendes inn renkulturer.

I henhold til revidert E.coli-kapittel i feces strategirapporten, er det ved prøve tatt på klinisk indikasjon anledning til å sende inn blandingskultur med eae kun fra barn under skolealder med HUS eller blodig diaré. Er det fredelig klinikk hos barnet, eller pasienten er over skolealder (uansett klinikk), kan man avslutte prøven og svare EHEC negativ prøve. Ved smitteoppsporing rundt et EHEC-tilfelle/kjent utbrudd bør vurderingen om innsending av eae-positiv blandingskultur avgjøres på grunnlag av alvorlighetsgrad hos EHEC-tilfellet/pasienter i utbruddet.

Undersøkelser:

  • Identifikasjon av E. coli til species- og gruppenivå skjer ved fenotypiske metoder.
  • Isolater som påvises å være tarmpatogene, blir forsøkt serologisk identifisert med et utvalg O- og H-antisera som dekker de hyppigst forekommende variantene.
  • Identifikasjon av virulensmarkører skjer ved en dekaplex PCR-analyse.
  • Bakterienes DNA-profiler undersøkes med MLVA-metoden, og resultatene føres inn i eget register.

Referanselaboratoriet er akkreditert for identifikasjon av tarmpatogene E. coli.

Følgende grupper undersøkes: 

EHEC/VTEC 

Innsending: Med mindre laboratoriene selv med sikkerhet har identifisert EHEC i renkultur, bør det sendes inn et godt ”strøk” med minst 20 E. coli-kolonier. EHEC-koloniene kan foreligge i svært lite antall og kan lett "drukne" blant apatogene E. coli fra normalfloraen.

Undersøkelser: Isolatene blir undersøkt med henblikk på forekomst av genene som koder for Stx1, Stx2 og intimin (eae), samt et utvalg H-antigener, ved hjelp av PCR-analyser. Stx-positive isolater undersøkes videre mhp enterohemolysinaktivitet. Det blir utført subtyping av stx2-genet. Alle isolater blir undersøkt fortløpende med MLVA.

EPEC

Suspekte EPEC-isolater blir undersøkt med henblikk på forekomst av genene eae og bfpB med PCR-metodikk for å skille mellom typiske og atypiske EPEC. Alle isolater blir undersøkt fortløpende med MLVA.

I henhold til revidert E.coli-kapittel i feces strategirapporten, er det anledning til å sende inn eae-alene positive kulturer kun ved mistanke om utbrudd med atypiske EPEC, eller ved mistanke om at kulturen representerer EHEC som har mistet sine shigatoksin-gener (EHEC-LST), det vil si ved alvorlig klinikk, pågående EHEC-utbrudd eller ved smitteoppsporing rundt et EHEC-tilfelle.

ETEC

Suspekte ETEC-isolater blir undersøkt med henblikk på forekomst av genene som koder for enterotoksinene LTI, STIa og STIb, med PCR-metodikk. Alle isolater blir undersøkt fortløpende med MLVA.

EIEC

Suspekte EIEC-isolater blir undersøkt med henblikk på forekomst av genet som koder for invasivitet (ipaH), med PCR-metodikk. Alle isolater blir undersøkt fortløpende med MLVA.

EAEC

Suspekte EAEC-isolater blir undersøkt med henblikk på forekomst av genet aggR. Alle isolater blir undersøkt fortløpende med MLVA.

Listeria

Samtlige førstegangsisolater skal sendes inn. (Definisjon av førstegangsisolat: se Salmonella). Isolatene blir serologisk identifisert til serogruppenivå og karakterisert med genteknologiske metoder. Alle isolater blir undersøkt fortløpende med MLVA, og resultatene føres inn i et eget register.

Shigella

Samtlige førstegangsisolater skal sendes inn. (Definisjon av førstegangsisolat: se Salmonella). Isolatene blir identifisert til serotypenivå, eventuelt undersøkt med henblikk på invasivitet med PCR-metodikk for ipaH-genet. Alle Shigella-isolater blir undersøkt for antibiotikaresistens i henhold til avtale med NORM. Alle isolater blir undersøkt fortløpende med MLVA, og resultatene føres inn i et eget register.

Vibrio

Samtlige førstegangsisolater av arter som anses å kunne være tarmpatogene (først og fremst V. cholerae og V. parahaemolyticus) skal sendes inn. (Definisjon av førstegangsisolat: se Salmonella). Det er ingen grunn til å sende inn isolater som anses å være identifisert med sikkerhet som en apatogen art.

V. cholerae-kulturer blir undersøkt mhp tilhørighet til serogruppene O1 og O139 og til biotypenivå. De undersøkes videre med en multiplex PCR med henblikk på forekomst følgende gener: ctx, zot,, ace, tcpA/clas, tcpA/* og toxR. Øvrige humanpatogene Vibrio-isolater som ønskes verifisert, blir identifisert til artsnivå.

Yersinia

Samtlige førstegangsisolater av Y. enterocolitica og Y. pseudotuberculosis som anses å kunne være humanpatogene, skal sendes inn. (Definisjon av førstegangsisolat: se Salmonella). Det er ingen grunn til å sende inn isolater som anses å være identifisert med sikkerhet som en apatogen art (Y. kristensenii, Y. frederiksenii, Y. intermedia o.a.)

Isolatene blir identifisert til serogruppe- og biotypenivå og undersøkes fenotypisk mhp virulensmarkører. Alle isolater blir undersøkt for antibiotikaresistens i henhold til avtale med NORM. Alle isolater som tilhører serogruppene O:3 og O:9 blir undersøkt fortløpende med MLVA, og resultatene føres inn i et eget register.

Aeromonas og Plesiomonas

Disse mikrobene har foreløpig ikke vist seg å ha noe utbruddspotensiale i Norge. De undersøkes bare mht speciestilhørighet. Ved usikkerhet om identifikasjon kan de derfor sendes inn. For øvrig er innsending foreløpig unødvendig.

Andre store Gram-negative stavbakterier

Andre store Gram-negative stavbakterier mottas i alt vesentlig når identifikasjonen ved primærlaboratoriet er usikker. Isolatene blir identifisert biokjemisk ved bruk av konvensjonelle referansemetoder, eventuelt støttet av en rekke kommersielle systemer. Ved tvilstilfeller blir sekvensering utført.

Serologiske undersøkelser 

Det foretas ikke rutinemessig serologisk undersøkelse med henblikk på tarmpatogene bakterier. Ved behov kan det likevel unntaksvis utføres agglutinasjonsreaksjoner mot for eksempel ulike Yersinia spp., Proteus OX19 (Weil-Felix-reaksjon), V. cholerae og spesifikke EHEC-varianter (p.t. O157:H7 og O103). Derimot utføres ikke lenger Widal-reaksjon med henblikk på Salmonella. 

Innsending av bakteriekulturer fra andre kilder enn mennesker

Salmonella, Shigella og Yersinia

Samtlige isolater av Salmonella spp., Shigella spp., og presumptivt humanpatogen Yersinia spp., skal sendes inn fortløpende som ledd i overvåkingen ved Folkehelseinstituttet, uansett fra hvilken kilde de er isolert. 

E. coli

EHEC/VTEC/STEC: Dersom isolater av E. coli blir identifisert som tilhørende en av de viktigste EHEC-serovariantene (O157, O103, O26, O145 eller O111), skal disse sendes inn fortløpende, uansett fra hvilken kilde de er isolert.

Ved mistanke om eller påvist smitte til mennesker (f. eks. ved sykdomsutbrudd), skal alle isolater sendes, uansett hvilken serogruppe de tilhører.

Andre tarmpatogene E. coli (EIEC/EPEC/ETEC): Ved mistanke om eller påvist smitte til mennesker (f. eks. ved sykdomsutbrudd), skal alle slike isolater sendes inn.

Vibrio

Ved mistanke om eller påvist smitte til mennesker (f. eks. ved sykdomsutbrudd), skal alle slike isolater sendes inn.

Listeria og Campylobacter

Isolater av disse smittestoffene skal sendes til Folkehelseinstituttet, uansett fra hvilken kilde de er isolert, dersom det er mistanke om eller påvist smitte til mennesker, herunder ved sykdomsutbrudd.

Rutiner for innsending og undersøkelser av bakteriekulturer som ikke er fra mennesker

Bakteriekulturene vil bli undersøkt på samme måte som beskrevet for humane isolater på denne nettsiden.

Av hensyn til overvåking og utbruddsoppklaring er det avgjørende viktig at bakteriene spesifisert ovenfor, sendes fortløpende og rutinemessig til Referanselaboratoriet sammen med et rekvisisjonsskjemamed nødvendige opplysninger. Det er viktig at rekvisisjonene fylles nøyaktig ut, herunder hva slags prøvemateriale bakterien er isolert fra, og fra hvilken virksomhet prøvematerialet stammer.

Bakteriekulturene skal sendes direkte til Folkehelseinstituttet fra det laboratoriet som isolerte dem. Vi gjør oppmerksom på at en del bakterier skal sendes samtidig til Veterinærinstituttet, selv om de også er sendt til Folkehelseinstituttet.

Bakteriene skal sendes renkultur, dersom ikke annet er avtalt.

Internasjonale referanselaboratorier

Hvis Referanselaboratoriet ikke kommer fram til en entydig identifikasjon av innsendte isolater, mener å stå overfor en ny variant eller blir oppmerksom på mulige andre problemer, vil kulturene bli sendt internasjonale referanselaboratorier. Dette gjelder:

Shigella, Vibrio og Campylobacter samt fagtyping av Salmonella:
Health Protection Agency, Laboratory of Enteric Pathogens
61 Colindale Avenue, London NW9 5HT. (WHO-laboratorium).

Salmonella identifikasjon:
World Health Organization (WHO) Collaborating Center for Reference and Research on Salmonella
Institut Pasteur, 25-28 Rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15 – France.

Yersinia:
Yersinia National Reference Laboratory and World Health Organization (WHO) Collaborating Center
Institut Pasteur, 25-28 Rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15 – France

E. coli:
Statens Serum Institut (SSI), Afdeling for Mave-Tarminfeksjoner
Artillerivej 5, 2300 København S – Danmark. (WHO-laboratorium).

Øvrige Gram-negative staver:
Culture Collection, University of Göteborg (CCGU), Sahlgrenska University Hospital,Department of Clinical Bacteriology
Guldhedsgatan 10, S-413 46 Göteborg – Sverige. (Akkreditert laboratorium).