Meldingssystem for smittsomme sykdommer, MSIS, overvåker en rekke smittsomme sykdommer, deriblant influensa. Nasjonalt folkehelseinstitutt har sammen med kommunelegene utpekt 201 legekontorer spredt over hele landet som vakttårn i influensaovervåkingen. Disse skal fra uke 40 om høsten til uke 20 om våren melde om influensaaktiviteten i sin praksis. Én gang i uka melder legekontoret om antall tilfeller av influensaliknende sykdom og antall konsultasjoner de har hatt. Resultatene publiseres annenhver uke i MSIS-rapport. Influensaaktiviteten oppgis da som andelen influensaliknende sykdom av alle legekonsultasjoner.
På denne måten påvises influensaepidemienes start og varighet, og det hele kan sammenholdes både med tidligere sesonger og med periode med lav eller ingen influensaaktivitet. Overvåkingen bidrar også til å øke kjennskapet til influensautbruddenes omfang og aldersfordeling, ved å bestemme befolkningens immunstatus i forhold til de influensavirus som har sirkulert og de som forventes å sirkulere.
I tillegg finnes det et samarbeid mellom Folkehelseinstituttet og de mikrobiologiske laboratorier samt enkelte legekontorer om overvåking av hvilke influensavirus som sirkulerer i sesongen.
Instituttet bidrar også til Verdens Helseorganisasjons influensa-arbeid, både med epidemiologisk informasjon og med oversendelse av virusstammer. Dette gjøres for å sikre en løpende oversikt over den globale utbredelsen av influensavirus, og dermed bidra til at de mest aktuelle varianter kan anbefales for vaksineproduksjon neste sesong.